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Le conseil régional de Bourgogne Franche-Comté a adopté le 26 janvier 2022 le projet de CPER 2021-2027 pour un montant de 2,74 milliards d’euros. Le montant dédié à l'ESR, de 117 M€, est doublé par rapport au CPER adopté en 2014. "Nous apportons pour l’ESR 10 M€ de plus que prévu initialement", précise Marie-Guite Dufay, présidente de région. Parmi les projets : la création d’un nouveau campus en centre-ville à Dijon (avec Sciences Po, l’Ensa, l’École supérieure de musique…), l’extension de l’UFR santé à Dijon, l’extension de l’ENSMM et de l’ISIFC à Besançon…
Les élus du conseil régional de Franche-Comté ont adopté, le 20 mars 2015, le protocole d’accord du futur CPER 2015-2020. Le CPER mobilise 66,2 M€ pour l’enseignement supérieur, la recherche et l’innovation. Ce montant est inférieur à celui inscrit dans le CPER 2007-2013 (106,3 M€). Le volet ESR du CPER, commun avec celui de la Bourgogne, concentre l’essentiel des crédits sur des projets structurants pour la future grande région. Il prévoit la mise en place d’une carte multiservice unique pour les étudiants et les personnels des établissements d’enseignement supérieur dans les deux régions, le développement conjoint de learning centers et, côté recherche, un appui aux projets définis dans la candidature de la Comue à l’isite (lire sur AEF). Il prévoit également l’aménagement du siège, pour la future Comue, à Besançon.