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À la suite d’un contrôle au siège de l’IRD en 2018, l’Agence française anticorruption a relevé plusieurs "manquements" qui ont nourri une saisine du parquet de Marseille où une enquête préliminaire confiée à la police judiciaire a été ouverte, selon Marsactu. Le journal en ligne publie le 10 septembre 2020 des extraits du rapport qui pointe, entre autres, un financement à l’IHU Méditerranée Infection et la prise en charge de déplacements de l’ancien PDG Jean-Paul Moatti "ne semblant pas relever" de sa mission à l’IRD. Joint par AEF info, celui-ci ne veut pas "commenter un rapport confidentiel"