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Tests salivaires, tests antigéniques, chiens détecteurs : quelles solutions pour du dépistage de masse sur les campus?

Les campus français seront-ils encore ouverts à la Toussaint ? Au rythme des contaminations actuelles et de l’apparition de clusters en population étudiante, la question se pose, certains établissements se préparant déjà à passer au tout-distanciel. Pour avoir une chance de maîtriser l’épidémie, le mot d’ordre est connu : "tester, tracer, isoler". À l’étranger, des universités se sont lancées dans des politiques de dépistage massif. Qu’en est-il en France ? Rien n’a été prévu en amont de la rentrée sur ce plan. Des discussions entre ARS et universités sont en cours pour monter des centres de dépistage dédiés, mais le véritable "game changer" ne pourra venir que de solutions moins coûteuses et plus rapides, comme les tests salivaires. Autre piste prometteuse, quoique peu soutenue : les chiens détecteurs. Pour l’école vétérinaire de Maisons-Alfort, ils seraient une partie de la solution.

Une séance de formation des chiens détecteurs de Covid-19 à l'Ecole vétérinaire de Maisons Alfort. Enva

Alors que les cas de Covid-19 se multiplient sur les campus, quels sont les moyens qui pourraient permettre aux établissements d'ESR d'éviter une année en distanciel ? À cette question, les scientifiques n’ont pas de réponse évidente. Certains établissements étrangers en ont d’ailleurs pris leur parti dès avant les congés d’été, prévoyant une année complètement à distance – Harvard, Cambridge, MIT… – quand d’autres y ont été contraints seulement quelques jours après leur rentrée (lire sur AEF info). La plupart, notamment en France, espèrent cependant toujours pouvoir mixer présentiel et distanciel, poussés en cela par leurs étudiants, leurs professeurs, et les autorités.

Un choix qui contraint donc les établissements à naviguer à vue, au gré des cas positifs et de la formation de clusters. Pour se donner les moyens de mieux anticiper ces inévitables événements, voire de les prévenir, certaines universités à l’étranger se sont dotées de politiques de dépistage de masse, pour tuer dans l’œuf les chaînes de contaminations. C’est le cas de l’université de Liège, en Belgique, qui débute ses campagnes de dépistage cette semaine grâce à un "test salivaire maison" (lire sur AEF info), ainsi que de nombreuses universités américaines.

des centres de dépistage commencent à être installés sur les campus

Qu’en est-il en France ? Si le dépistage ne relève pas des compétences des établissements académiques, des partenariats sont néanmoins en train de se nouer entre certaines universités et les ARS pour monter des centres de dépistage dédiés : c’est le cas à l’université Grenoble-Alpes depuis le 7 septembre, et en cours à l’université de Strasbourg ou à l’université de Caen.

À Grenoble par exemple, le centre de dépistage effectue déjà 130 prélèvements par jour et 650 par semaine. Ces tests, réservés aux symptomatiques et aux "cas contacts à risque", sont réalisés par le CHU et des étudiants en santé, sans prescription. Les résultats sont disponibles dans les 24 à 72 heures, indique l’UGA. "L’objectif est de casser rapidement les chaînes de contamination", précise le président, Yassine Lakhnech. Lyon-I souhaite aussi s’engager dans cette voie à partir du 1er octobre, ainsi que l’université de Savoie. "Toutes les universités ont des laboratoires qui ont des capacités de dépistage, on pourrait sans doute aller plus loin dans ce domaine", estime Denis Varaschin, son président.

hec demande un test pcr au retour de ses étudiants sur le campus

Les grandes écoles, qui ont des effectifs trop réduits pour faire de même, devraient bénéficier de ces centres dédiés aux étudiants. Sans attendre ces options, certaines d’entre elles, comme HEC, ont demandé à leurs étudiants de présenter un test RT-PCR négatif à leur retour sur le campus. "Cela fait partie d’une liste plus large de mesures de prévention que nous avons mises en place, et participe d’une prise de conscience collective", confirme à AEF info Marcelle Laliberté, doyenne associée aux affaires étudiantes. "Il n’y a pas eu de levée de boucliers parce que nous avons beaucoup dialogué en amont avec tous les représentants étudiants, dans l’idée de s’aider collectivement."

Finalement, une trentaine d’étudiants d’HEC ont été testés positifs jusqu’à présent. Ils ont reçu instruction de s’isoler et de suivre les cours à distance durant une certaine période. "Évidemment, nous sommes tributaires des délais des laboratoires, qui sont actuellement de 10 jours d’attente", reconnaît la doyenne, interrogée le 15 septembre. "Dans ce cas, nous accueillons quand même les étudiants sur le campus, mais nous leur demandons de se mettre en 'quarantaine administrative' le temps qu’ils aient les résultats. Ce n’est pas parfait, nous ne 'fliquons' pas chaque étudiant, c’est simplement de la mitigation."

Une stratégie de mitigation limitée par la faisabilité des tests

Ce type d’initiative a en effet une portée limitée si les tests ne sont pas reproduits régulièrement. HEC entend-elle se lancer dans une telle voie ? "C’est en questionnement à l’heure actuelle, car les conditions changent tout le temps", répond Marcelle Laliberté. "Nous discutons beaucoup avec les autorités locales et sanitaires. Faut-il faire des tests aléatoires ? Des tests antigéniques ? Organiser une campagne de vaccination contre la grippe, ou une campagne de sensibilisation ? Ce sont nos questions du moment."

Sur le campus lillois de l’école des Arts et métiers, ce sont les étudiants eux-mêmes qui se sont saisis du sujet du dépistage : une association étudiante a pris l’initiative de consulter l’Institut Pasteur voisin, qui leur a proposé d’effectuer 50 tests par semaine chez les premières années et 50 autres chez les 2e années, tirés au sort par les responsables étudiants, pendant une durée encore indéterminée. Jeudi 10 septembre, les 49 premiers étudiants ont été testés et deux cas positifs ont été détectés, indique Laurent Champaney, directeur de l’Ensam, à AEF info. Une expérience à suivre, puisqu’elle sera réitérée toutes les semaines.

diagnostic et dépistage répondent à des logiques différentes

Le frein majeur au développement d’un dépistage de masse est la technique de test privilégiée en France depuis le début de l’épidémie, le RT-PCR par prélèvement nasopharyngé, considéré par les autorités sanitaires comme le plus robuste. Mais cette technique est aussi relativement invasive, nécessite des moyens importants (techniciens pour le prélèvement, traitement des échantillons dans des laboratoires agréés, etc.), et montre actuellement ses limites lorsqu’elle est utilisée dans un but de dépistage, et non de seul diagnostic.

"Sur des campus avec plusieurs centaines ou milliers d’étudiants, faire des tests RT-PCR réguliers, sur tout le monde pendant tout l’hiver, cela n’a pas de sens et coûterait une fortune", confirme Bruno Lina, virologue à l’université Lyon-I, responsable du Centre national de référence virus des infections respiratoires, et membre du Conseil scientifique Covid-19. "Il faut déployer des centres de diagnostic sur place et tester par RT-PCR les étudiants symptomatiques. En parallèle, il y a la question du dépistage, qui est différente", souligne-t-il.

"Le dépistage consiste à détecter une circulation silencieuse, sur une population identifiée, avec un système de rotation, en lançant des coups de sonde au hasard : par exemple, on teste les 35 étudiants d’un master le même jour, et pareil pour un groupe d’enseignants", explique le virologue. "Éventuellement, on peut alors utiliser des tests moins sensibles, par prélèvement salivaire, mais cela doit être organisé et structuré", insiste-t-il.

passer du nasopharyngé au salivaire : la France en retard

Encore faudrait-il que les tests réalisés à partir de prélèvements salivaires soient autorisés, ce qui n’est le cas que depuis ce vendredi 18 septembre – la HAS vient de rendre son avis – mais uniquement pour les cas symptomatiques, ce qui en limite grandement la portée dans une logique de dépistage. Selon Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’Institut Pasteur et membre du Conseil scientifique Covid-19, il faudra certainement attendre la fin de l’année pour que des tests salivaires rapides soient non seulement autorisés, mais aussi disponibles en masse et utilisables pour faire du dépistage sur les campus.

Pourquoi un tel décalage avec d’autres pays, où les universités utilisent déjà le salivaire ? "Les études scientifiques qui existent dans le monde sur la sensibilité de la salive sont extrêmement hétérogènes et parfois contradictoires", explique Mathieu Nacher, PU-PH au Centre hospitalier de Cayenne, en Guyane, responsable du très attendu essai sur les tests salivaires "Covisan", lancé en juillet par l’Inserm.

"Beaucoup s’appuient sur des prélèvements faits sur des patients hospitalisés, ce qui ne correspond pas à une situation en population générale. Certains prennent de la salive fraîche et d’autres venant de banques, ce qui introduit aussi une différence de sensibilité, de même que la manière de prélever et le moment de la journée. L’analyse que nous menons en Guyane est faite dans les conditions de la 'vraie vie'." Un certain retard à l’allumage donc pour lancer des études solides, qui n’a pas échappé aux membres de la Commission d’enquête du Sénat, le 15 septembre.

Salivaire, RT-PCR, Lamp, antigénique… De quoi parle-t-on ?

 

En matière de test, il faut distinguer la méthode de prélèvement de la méthode de diagnostic.

En ce qui concerne le prélèvement, il peut être, dans le cas de la Covid-19, nasopharyngé (au fond du nez) ou salivaire : dans le premier cas, il s’effectue avec un matériel spécifique (l’écouvillon), qui doit être manipulé par un technicien habilité, d’où une certaine lourdeur du processus. Dans le second cas, le recueil de salive est plus simple, moins invasif et ne requiert pas forcément de personnel formé, mais il faut édicter certaines règles pour que l’échantillon soit de bonne qualité.

Une fois le prélèvement effectué, plusieurs méthodes de diagnostic peuvent être utilisées : les trois dont on entend parler actuellement, en dehors des tests sérologiques (qui détectent des anticorps bien après le début de l’infection), sont la RT-PCR, la RT-Lamp et l’antigénique (ou TRA), qui fonctionnent très différemment et n’ont pas toutes les mêmes capacités de détection du virus.

- les tests moléculaires (ou virologiques) par RT-PCR, qui détectent la présence du génome viral du SARS-­Cov-­2, ne sont actuellement effectués en France que sur des prélèvements nasopharyngés, réputés les plus sensibles. Ils constituent le test de référence au niveau mondial (le "gold standard"). Mais ils peuvent aussi être adaptés à des prélèvements salivaires : les études Covisan et Salicov en cours sont en train de comparer les résultats de ces deux techniques.

- les tests antigéniques sont également réalisés actuellement à partir de prélèvements nasopharyngés ; mais contrairement au test RT-PCR, qui nécessite une analyse en laboratoire, le test antigénique repère des protéines du virus en 15 à 20 minutes. Ces tests viennent d’être autorisés par un arrêté du 16 septembre, qui précise qu’ils ne concerneront pas les personnes avec des symptômes, ni les "cas contacts". En cas de positivité au test antigénique, un test par RT-PCR restera nécessaire.

- les tests par RT-Lamp, qui permettent d’amplifier l’ARN viral comme la RT-PCR, mais avec une intrumentation beaucoup plus simple, se pratiquent sur des prélèvements nasopharyngés ou, plus rapide, salivaires. Leur sensibilité dépend beaucoup du mode de préparation de l’échantillon, et plusieurs technologies sont en cours de développement, comme EasyCov ou le Covidisc.

Les tests antigéniques arrivent, mais ils sont moins sensibles

En dehors des tests salivaires, d’autres méthodes peuvent aider à dépister massivement et rapidement le SARS-­Cov-­2. Ce sont d’abord les tests antigéniques, que le gouvernement vient là aussi tout juste d’autoriser (cf. encadré). S’ils ne dispensent pas de la fastidieuse phase du prélèvement nasopharyngé, ils permettent d’obtenir un résultat beaucoup plus rapidement, sans passer par un laboratoire d’analyse.

"Nous avons d’ores et déjà passé des premières commandes à hauteur de 5 millions de tests antigéniques, qui seront arrivés d’ici à début octobre", a assuré Olivier Véran, le ministre de la Santé, dans sa communication du 17 septembre. Mais leur sensibilité est questionnée, avec des risques élevés d’erreur en cas de contamination légère, selon les experts consultés par AEF info, car ils ne procèdent à "aucune amplification des acides nucléiques". 

Dans un troisième temps devraient également arriver les tests par RT-Lamp à résultat rapide. C’est sur cette technique que fonctionne le très médiatisé test EasyCov, développé par le laboratoire Sys2diag (CNRS/Alcen) et le CHU de Montpellier.

Disponible sur le marché depuis le 17 juin, sa version 1 a connu un écueil de fonctionnement (risque de contamination à l’ouverture du tube après amplification), et une version 2 plus sûre est donc en cours de développement. Mais contrairement au "gold standard", ce test effectue une préparation très minimale de l’échantillon salivaire, ce qui réduit là encore sa sensibilité.

une technologie prometteuse mise au point à l’ESPCI-psl

La RT-Lamp, c’est aussi ce qu’utilise le "Covidisc", une technologie prometteuse mise au point par une équipe de l’ESPCI-PSL avec l’Institut Pasteur. "L’ESPCI travaille depuis six ans avec l’Institut Pasteur sur les virus Ebola et Zika, ce qui nous donne une avance technologique certaine", raconte Patrick Tabeling à AEF info.

"Quand la Covid est arrivée, mes collègues Pierre Garneret, Elian Martin, Étienne Coz et moi-même avons appliqué nos méthodes et lancé le Covidisc. Ses performances sont équivalentes à celles des tests RT-PCR : la technique consiste à extraire de l’ARN de l’échantillon (salivaire ou nasopharyngé), donc à le concentrer, ce qui permet de gagner en sensibilité. Puis on utilise la RT-Lamp, une technique éprouvée qui permet d’observer les résultats à l’œil nu."

Selon lui, le Covidisc est bien supérieur à ses concurrents car "non seulement, il amplifie les acides nucléiques, mais il effectue sur le disque lui-même, comme le gold standard, une purification de l’échantillon, d’où ses excellentes performances".

plusieurs industriels intéressés par une licence du brevet

La technologie du Covidisc a fait l’objet d’une publication de recherche au mois d’août. La phase de développement est bien avancée, puisque le dernier prototype est en test à l’école, puis devra être validé par le Centre national de référence. "On espère aller assez vite et en produire plusieurs millions", reprend Patrick Tabeling. "Nous discutons avec plusieurs industriels intéressés par une licence du brevet. Le but final est d’en faire un autotest, mais pour cela, nous devons encore simplifier le protocole. Le prototype actuel est déjà utilisable par de petits laboratoires ou des tentes décentralisées. Le résultat est ensuite disponible en une heure."

La Mairie de Paris, tutelle de l’ESPCI, a signé un contrat de 400 000 euros sur la base des premiers résultats avec l’entreprise Bertin technologie, qui s’est engagée à produire 500 à 1 000 Covidisc par jour aussitôt que possible. "Nous-mêmes, à l’ESPCI, avons une petite chambre de production de 50 unités par jour, qui pourra être utile à l’échelle de l’école", indique Patrick Tabeling. "Si les industriels tiennent leurs délais, on peut espérer qu’il sera en production pour la fin de l’année. Ce qui nous manque, c’est un gros producteur, capable d’en fabriquer des millions par mois. Pour l’instant, ce sont des prospects, mais nous sommes optimistes."

les chiens détecteurs de covid : une solution peu coûteuse qui peine à se faire financer

Il reste enfin une piste qui, pour iconoclaste qu’elle puisse paraître au premier abord, pourrait bien se révéler la plus adaptée à un dépistage massif et peu coûteux sur les campus : les chiens détecteurs de Covid-19. Depuis plusieurs mois déjà, une équipe de l’École vétérinaire de Maisons-Alfort se débat pour faire émerger, sur ses fonds propres, cette solution qu’elle juge très robuste. "Nous observons une sensibilité de 92 à 98 % de nos chiens, équivalente, voire meilleure, à celle des tests par RT-PCR", assure le professeur Dominique Grandjean, responsable de l’unité de médecine de l’élevage et du sport de l’Enva, qui porte le projet de recherche Nosaïs-Covid (1).

La formation des chiens à la détection du SARS-­Cov-­2, qui sont capables de renifler les molécules générées par les cellules humaines infectées par le virus dans la sueur axillaire, nécessite entre trois semaines et deux mois. Chaque chien est ensuite capable de dépister 150 à 200 personnes par jour, "soit l’équivalent de 150 000 à 200 000 tests/jour si on forme 1 000 chiens", calcule Dominique Grandjean. Mais pour cela, il faut des moyens, que l’Enva n’a pas réussi à décrocher.

la difficile collaboration médecins/vétérinaires

"Nous sommes sollicités par de nombreux ministères de la Santé étrangers, la Grande-Bretagne a mis 500 000 livres sur la table pour financer des études, l’université de Pennsylvanie, avec qui nous travaillons, a débloqué 400 000 dollars en huit jours, et même un pays pas très riche, la Colombie, lance en ce moment la formation de 400 chiens. Et en France… rien !", se désole le vétérinaire. Aucun financement n’a ainsi été débloqué à ce jour dans l’hexagone pour déployer le programme à grande échelle, et aucune reconnaissance officielle n’a été donnée après l’évaluation scientifique menée par l’équipe, qui a donné lieu à une première publication de preuve de concept (pré-print).

Dépité, Dominique Grandjean menace d’ailleurs de "tout arrêter" en France et de se tourner vers les nombreux pays montrant de l’intérêt pour cette approche, pourtant "non invasive, rapide puisque les résultats sont obtenus en cinq minutes, et qui ne coûte rien d’autre que quelques croquettes". "Le seul problème, c’est l’acceptabilité par des médecins d’un diagnostic fait par des vétérinaires", estime Dominique Grandjean. Un discours qui rappelle étrangement celui du vice-président de l’université de Liège, lui aussi vétérinaire (lire sur AEF info).

Alors que l’épidémie repart, et que les campus sont particulièrement à risque, qui aura l’audace de miser sur les chiens détecteurs ? L’Enva se dit en tout cas "prête à aider" des établissements qui feraient appel à elle. En attendant que les autorités se penchent sérieusement sur le sujet.

(1) En partenariat avec l’hôpital militaire Bégin, l’AP-HP, la compagnie Cynophile de la préfecture de police, les sapeurs-pompiers de Seine-et-Marne et de l’Oise, les gendarmes et pompiers de Corse du Sud et les entreprises Cynopro detection dog et Diagnose.

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Sarah Piovezan, journaliste