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"Au bout du compte, ce sont les enseignants-chercheurs qui devront mener en même temps" toutes les réformes : suppression de la Paces, mise en place de la loi ORE et réforme du lycée, alerte Jean-Marc Planeix, président de la CDUS, lors d’une interview à AEF info en octobre. Leur réussite dépendra "des moyens et de la capacité de nos collègues à répondre à trois injonctions simultanées", souligne-t-il. Jean-Marc Planeix revient sur les conséquences de la fin de la Paces sur les flux des autres licences : "est-ce que nous serons en capacité de nous occuper des étudiants en mineure santé en plus de ceux en 'oui si' ?". Par ailleurs, Laurence Mouret, 1re VP de la CDUS, estime que les filières scientifiques sont également "les plus touchées" par la réforme du lycée. Ils donnent aussi leur avis sur les "oui si" et la réussite en licence, le contrat pédagogique ou encore le bachelor.
La CDUS publie sur son site internet le 11 février 2019 un tableau afin de montrer quelles spécialités lui paraissent les plus pertinentes pour accéder aux mentions de licences scientifiques. La conférence rappelle la place particulière des mathématiques et encourage les élèves à se renseigner en amont : "Notre volonté est que les choix des lycéens soient le plus en phase possible avec les attendus nationaux dans les filières universitaires qu’ils envisagent, afin de faciliter leur accès et leur réussite dans nos mentions".
Des personnels de la faculté des sciences et technologies de Lyon-I s’inquiètent d’un projet "de disparition de leur composante en 2019", pour préparer l’université cible prévue par l’idex. La CDUS affirme, le 18 octobre 2018, que "les conditions de démocratie, de transparence et de dialogue dans lesquelles cette transformation est conduite ne sont pas acceptables". "Rien n’est décidé et encore moins voté", assure l'université Lyon-I. La faculté des sciences et techniques de St-Étienne est aussi concernée par une restructuration, "plutôt dans une démarche consensuelle", selon son directeur.