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"Nous n’esquivons pas et nous tenons ferme", fait savoir, à propos des libertés académiques, Nathalie Dompnier. La présidente de l’université Lyon-II revient dans une interview à AEF info le 11 octobre 2019 sur des critiques publiés via Twitter par un étudiant en science politique, critiques reprises dans un article du Progrès le 16 septembre, selon lesquelles les enseignements de l’université mélangeraient cours et militantisme. Une attaque "ponctuelle" à laquelle les réseaux sociaux ont donné de l’ampleur, selon la présidente de l’université, qui a publié depuis une déclaration de soutien aux enseignants. Toujours sur la question des libertés académiques, Nathalie Dompnier exprime des doutes quant à la construction des "grandes universités de rang mondial", craignant que "les critères d’excellence retenus pour hiérarchiser les priorités à financer" ne se fassent au détriment des SHS.
QSF demande à la ministre de l’ESRI "de faire inscrire dans le préambule de la prochaine loi de programmation de la recherche la protection [des] libertés constitutives de la liberté académique". Dans un communiqué du 12 avril 2019, l'association liste en effet des "atteintes de plus en plus nombreuses" à cette liberté. Elle appelle "la communauté universitaire et toutes les organisations représentatives à défendre la liberté académique".
"La liberté académique et l’autonomie institutionnelle ont une importance et une valeur fondamentales pour la société", déclarent, le 10 avril 2019, les académies européennes, l’EUA et Science Europe. Dans un appel, les organisations soulignent que "tous les pays d’Europe et de nombreux autres dans le monde ont des dispositions légales garantissant la liberté académique et l’autonomie institutionnelle" mais que ces dernières "ne vont plus de soi en Europe et dans le monde, avec de graves conséquences pour les universitaires, la science et la société".