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Le président de la Cdefi, Jacques Fayolle, considère que la perspective de la loi de programmation pluriannuelle de la recherche "offre l’opportunité d’aller encore vers plus de simplification et d’efficience" du système de recherche. À condition, nuance-t-il dans une interview à AEF info, de ne pas généraliser un outil au détriment des autres : "Simplifier notre système d’ESR ne doit pas conduire à le priver de leviers d’action." La Cdefi met en avant des propositions visant à renforcer les relations entre le monde académique et celui des entreprises, considérant que c’est là que résident "les clés du financement de la recherche". Elle plaide notamment pour une meilleure reconnaissance des activités de recherche partenariale dans la carrière des enseignants-chercheurs, et pour une meilleure prise en compte des coûts complets dans les contrats de recherche.