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Les conflits et "l’arbitraire" de certains pays "mettent en danger les activités de recherche", quand ce n’est pas la vie des chercheurs. Le comité d’éthique du CNRS estime que les institutions de recherche, "tout particulièrement le CNRS, ont un rôle important à jouer […] pour défendre l’éthique de la science" et répondre à la "demande de sécurité" des chercheurs. Dans un avis intitulé "La recherche : un droit mondial", publié le 6 février 2019, il émet des recommandations en faveur d’une recherche plus "sécurisée" et "solidaire", et pour que s’exerce un "droit d’ingérence de la recherche".
"La convention entre le CNRS et la direction du renseignement militaire nuit à l'indépendance de la recherche", juge le SNTRS-CGT, le 5 juillet 2018. "Cette convention ouvre la voie à une subordination de la recherche aux intérêts militaires, à un mélange de genres entre recherche scientifique et expertise, voire à une focalisation sur le sécuritaire", déplore l’organisation syndicale. Le 30 mai 2018, une convention entre le CNRS et la direction du renseignement militaire a été signée à la suite de l’appel attentats-recherche lancé le 18 novembre 2015 par le CNRS (lire sur AEF info).