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François Houllier est nommé président de l'Ifremer en conseil des ministres, mercredi 19 septembre 2018. Dans une interview à AEF info, il indique vouloir consolider les transformations engagées par son prédécesseur François Jacq, à commencer par le déménagement du siège à Brest et la nouvelle responsabilité de gestion de la flotte océanographique. Il déclare endosser le projet stratégique d’institut qu’il trouve à son arrivée et qui préfigure le contrat d’objectifs et de performance devant être signé avec l’État fin 2018-début 2019. Il souhaite toutefois que ces priorités se déclinent en "feuilles de route" pour les départements et les centres, prenant en compte les politiques de site. François Houllier insiste aussi sur la nécessité pour l’Ifremer, qui revendique une position d’institut de référence sur les sciences marines, d’une "bonne coordination avec les autres acteurs".