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Plusieurs raisons expliquent que "l’efficacité du CII (crédit impôt innovation) est limitée", relève le rapport sur "les aides à l’innovation" publié le 18 juillet 2018 (lire sur AEF info) : son taux, différent de celui du CIR (crédit impôt recherche), "la porosité de dépenses potentiellement éligibles aux deux dispositifs" et "l’extrême similitude" des deux procédures. C’est pourquoi la mission recommande "d’aligner le taux du CII sur celui du CIR, soit 30 %, en maintenant le plafond annuel de 400 k€ par an et par entreprise, pour un coût d’environ 85 M€ par an".
"Sanctuariser le crédit d’impôt recherche dans son périmètre actuel, tout en conditionnant son bénéfice à un maintien d’activité sur le territoire national pendant au moins cinq ans afin de mettre un terme à des comportements de pure optimisation fiscale menés par certains groupes, notamment étrangers." Telle est la proposition d'une mission d’information sénatoriale sur "Alstom et la stratégie industrielle de la France", dans un rapport adopté le 6 juin 2018. "Il est donc indispensable d’éviter de le remettre systématiquement en question, sans quoi son efficacité diminue", estime la mission.