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Patrick Berche quittera la direction générale de l’Institut Pasteur de Lille le 1er juillet 2018, au terme d’un mandat de quatre ans. "C’est le bon sens qui me fait arrêter, après 53 ans de vie professionnelle, mais je pars à regret", confie-t-il à AEF info, mardi 12 juin 2018. "Lorsque je suis arrivé, on ne se battait pas pour devenir directeur", sourit-il, rappelant les difficultés financières traversées par l’Institut de 2011 à 2015. Jacques Richir, président du conseil d’administration, souligne que Patrick Berche a "aidé à redéfinir le projet stratégique scientifique de la fondation".
Le conseil régional Nord-Pas-de-Calais va verser à la fondation de l'Institut Pasteur de Lille une dotation de sept millions d'euros, à condition d'en devenir membre aux côtés des autres collectivités territoriales. Une délibération a été adoptée en ce sens mercredi 14 décembre 2011 dans le cadre de la séance plénière portant sur le budget primitif 2012. Ce versement s'ajoute aux aides décidées par la communauté urbaine de Lille (deux millions d'euros), le conseil général du Nord (deux millions d'euros) et la ville de Lille (trois millions d'euros).