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L'agence économique régionale de Bourgogne Franche-Comté se donne quatre missions, dont la promotion et l’accompagnement de l’innovation. Elle disposera, entre autres outils, d’un fonds pour financer des prestations technologiques pour les PME, baptisé Presta’Inno, ainsi que d’un service dédié à la propriété intellectuelle et aux brevets. Lors du lancement de l’agence, le 29 septembre 2017 à Dijon, sa directrice générale Martine Abrahamse-Pleux précise également que l’AER sera la "structure référente" pour les Cifre dans la région. Comptant une quarantaine de salariés, l'agence a pris le statut d’une SPL (société publique locale) dont seules seront actionnaires les collectivités locales. Les entreprises ainsi que Bpifrance seront cependant associés à sa gouvernance.