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Dans le courant de l’été 2017, les salariés de l’incubateur bourguignon ont tous démissionné, tandis que l’incubateur de Franche-Comté était placé en liquidation, faute de pouvoir restituer les aides européennes indûment perçues que la CICC lui réclamait. "Le problème qu’a vécu l’Incubateur de Franche-Comté peut se poser pour tous les incubateurs français ; c’est la raison pour laquelle les acteurs ont souhaité créer une nouvelle structure, pour laquelle nous remettons à plat le financement", explique François Roche-Bruyn, chargé de la préfiguration du futur incubateur de Bourgogne Franche-Comté, lors d’un entretien à AEF, le 28 septembre 2017. La nouvelle structure – qui devrait voir le jour en novembre – relèvera du régime d’aide d’État "dit transparent". Ses statuts sont validés par les membres fondateurs de la Comue et par la Comue elle-même, qui constitueront son collège académique.