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Le comité du registre européen Eqar estime que le HCERES respecte "dans l’ensemble" les standards européens d’assurance-qualité (ESG) et a décidé de renouveler pour 5 ans son inscription au registre, dans une décision du 20 juin 2017. Cependant, le comité juge que le Haut conseil ne se conforme que "partiellement" à certains standards, notamment concernant les recours. Il souligne que "la majorité des membres du comité d’appel [du HCERES] est également membre des autres organes du Haut conseil, responsables de certaines parties de la procédure d’évaluation et pourraient ainsi être en situation de conflit d’intérêts dans la gestion des plaintes". Le comité demande au HCERES de résoudre ces problèmes "sans délai". Le Haut conseil précise "il s’attachera à prendre en compte les recommandations formulées par le comité" et que "des projets ont d’ores et déjà été engagés".
L’approche formation-recherche par grand champ ainsi qu’une étroite concertation en amont sont les deux principales évolutions caractérisant les liens entre le MENESR et le HCERES, analysent pour AEF Simone Bonnafous, Dgesip, et Michel Cosnard, président du HCERES depuis le 30 octobre 2015. Dans une interview le 6 juillet 2016, ils expliquent comment ils voient aujourd’hui leurs missions respectives. Ils évoquent ainsi le remodelage à venir des vagues "en fonction des régions", le "positionnement" demandé aux organismes de recherche, les effets de la nouvelle accréditation… La validation par le HCERES des procédures d’évaluation d’autres instances, pourrait poser des "questions complexes", comme celle de valider les procédures de la CTI du fait qu’elle dispose du monopole de l’évaluation du titre d’ingénieur.