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Le Conseil d’État considère dans un avis du 26 avril 2017 qu’un agent public qui n’a pas pu prendre de congés annuels pour cause de maladie peut revendiquer leur report dans un délai de quinze mois après la fin de l’année civile au cours de laquelle son droit n’a pu être exercé. La réglementation française, qui ne prévoit qu’à titre exceptionnel le report des congés non pris d’un fonctionnaire de l’État, "sans réserver le cas des agents qui ont été dans l’impossibilité de prendre leurs congés annuels en raison d’un congé de maladie", est incompatible avec la jurisprudence européenne, constatent les hauts magistrats. Ce droit au report s’exerce dans la limite de quatre semaines de congés payés prévue par la directive européenne de 2003 sur le temps de travail.
Un travailleur dont l'incapacité de travail est survenue pendant la période du congé annuel payé a le droit de récupérer ultérieurement une période de congé correspondant à la durée de l'incapacité. Peu importe le moment où l'incapacité est survenue. C'est ce que juge la CJUE (Cour de justice de l'Union européenne) dans un arrêt du 21 juin 2012. Elle précise ainsi sa jurisprudence sur la coïncidence des périodes de congé payé et de congé maladie. Dans un arrêt du 10 septembre 2009 (n° C-277/08,Vicente Pareda), elle déjà retenu qu'un travailleur en situation d'incapacité de travail avant le début de ses congés payés avait le droit de reporter ses congés. Cette règle s'applique désormais, que l'incapacité soit survenue avant ou pendant la période de congés payés.
Un fonctionnaire a droit, lors de son départ à la retraite, à une indemnité financière pour congé annuel payé non pris s'il n'a pas pu exercer son droit à un congé minimal payé de quatre semaines pour cause de maladie. Cependant, ce droit à indemnisation ne s'étend pas aux jours de congés supplémentaires accordés par le droit national. C'est ce que décide la CJUE (Cour de justice de l'Union européenne) dans un arrêt du 3 mai 2012.
La directive européenne 2003/88/CE relative à l'aménagement du temps de travail ne s'oppose pas à des dispositions ou des pratiques nationales, telles que des conventions collectives, limitant le cumul des droits à congés annuels payés acquis par un travailleur en incapacité de travail pendant plusieurs périodes de référence consécutives. C'est ce que juge la CJUE (Cour de justice de l'Union européenne) dans un arrêt du 22 novembre 2011.
Eu égard à la finalité qu'assigne aux congés annuels la directive européenne 2003/88/CE du du 4 novembre 2003 concernant certains aspects de l'aménagement du temps de travail, "lorsque le salarié s'est trouvé dans l'impossibilité de prendre ses congés payés annuels au cours de l'année prévue par le code du travail ou une convention collective en raison d'absences liées à une maladie, un accident du travail ou une maladie professionnelle, les congés payés acquis doivent être reportés après la date de reprise du travail", énonce la chambre sociale de la Cour de cassation dans un arrêt du 24 février 2009. Elle aligne ainsi sa jurisprudence sur celle de la CJCE (Cour de justice des communautés européennes).
La directive européenne 2003/88 sur le temps de travail "doit être interprété en ce sens qu'il s'oppose à des dispositions ou à des pratiques nationales qui prévoient que le droit au congé annuel payé s'éteint à l'expiration de la période de référence et/ou d'une période de report fixée par le droit national même lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant tout ou partie de la période de référence et que son incapacité de travail a perduré jusqu'à la fin de sa relation de travail, raison pour laquelle il n'a pas pu exercer son droit au congé annuel payé", énonce la CJCE (Cour de justice des Communautés européenne) dans un arrêt du 20 janvier 2009.