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Outre la publication du décret relatif à l’Agence française pour la biodiversité et les arrêtés de nomination concernant notamment le conseil d’administration de l’AFB, deux décrets d’application de la loi biodiversité ont paru en début d’année 2017. Ils concernent le rattachement des parcs nationaux à l’Agence, et l’attribution à cette dernière d’une "redevance spécifique pour exploitation des ressources minérales non énergétiques des fonds marins du plateau continental ou de la zone économique exclusive". Courant janvier, la secrétaire d’État chargée de la biodiversité Barbara Pompili a affirmé à l’Assemblée nationale qu’un quart des décrets d’application de la loi biodiversité ont été publiés. Ils sont, depuis fin novembre 2016, au nombre de sept. Plusieurs textes sont par ailleurs en consultation, notamment sur les néonicotinoïdes.
Les 43 membres du conseil d’administration de l’Agence française pour la biodiversité ont été nommés par arrêté du 4 janvier 2017. Le ministère de l'Environnement a été obligée d'ajouter 9 membres depuis sa première proposition datée de juillet. La première réunion du CA est fixée au 19 janvier. L’agence est entrée en vigueur au 1er janvier 2017, issue de la fusion de l’Onema, des Parcs nationaux de France et l’Agence des aires marines protégées et du groupement d’intérêt public Atelier technique des espaces naturels.