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Les Trophées 2016 de l’Inpi sont décernés à quatre lauréats, le 14 décembre 2016, "pour l’exemplarité de leur stratégie d’innovation et leur capacité à inscrire la propriété industrielle au cœur de leur développement". Dans la catégorie "recherche" est distingué le cluster d’excellence Laphia (Laser et photonique en Aquitaine), soutenu par l’idex de Bordeaux. Sont également récompensés la start-up Wandercraft (catégorie "brevet") pour son "premier exosquelette des membres inférieurs qui ne nécessite pas de béquilles", les Procédés Chénel international (catégorie "design") pour "plus d’un siècle d’innovations et de développements inédits dans l’art du papier, au service des créateurs et des designers", et la société Obut (catégorie "marque"), qui "capitalise sur un savoir-faire unique pour innover de façon systématique et transverse".
« Les labex présentés par l'Université de Bordeaux ont été le fruit d'une présélection locale. Ils n'ont pas tous la même taille, ni le même niveau mais malgré tout, ils représentent des choix stratégiques pour le site. Labellisés ou pas, nous pensons qu'ils restent tous des projets de bon niveau et nous souhaitons continuer à les soutenir, dans le cadre de l'initiative d'excellence si nous l'obtenons. Sauf bien sûr si les appréciations du jury nous montrent que nous faisons complètement fausse route », explique mardi 29 mars 2010 à AEF Manuel Tunon de Lara, le président du PRES bordelais. L'Université de Bordeaux, dont le projet d'idex a été pré-sélectionné (AEF n°244866), a obtenu le 25 mars 2011 la labellisation de cinq de ses huit projets de labex. « Un très joli score, sans doute un des meilleurs au niveau national », estime Manuel Tunon de Lara, qui avoue toutefois que le PRES « ne s'attendait pas à cette liste-là [de projets sélectionnés] ».