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L'UPPA dispose d’outils et de compétences opérationnels pour son pilotage mais ils ne peuvent servir son développement en raison de sa fragilité financière, constate le HCERES dans son évaluation parue en novembre 2015. Une situation qui "ne s’est pas améliorée" depuis fin 2013 selon les rapporteurs, qui invitent à une "analyse approfondie" du budget et à une "régulation de la masse salariale". Le comité propose d'"estimer le coût induit par le caractère multisites" de l’établissement, partagé entre Pau, la côte basque, Tarbes et Mont-de-Marsan et d'"innover" pour dégager des recettes ; celles de la formation continue ou des contrats de recherche restant insuffisantes. Le rapport préconise aussi de consolider la politique transfrontalière, trop "dispersée", et la recherche en LLSH, pas assez visible comparée aux sciences et techniques - "fer de lance" de l’UPPA.
L'UPPA, en double déficit en 2010 et 2011, avait réussi à éviter les gels de postes l'an passé. Pas cette année. L'université a prévu d'en geler entre 15 et 20, soit la quasi-totalité de ses emplois d'enseignants-chercheurs vacants. Voté le 12 décembre 2013 (par 13 pour, 5 contre et 5 abstentions) avec un déficit en fonctionnement de 1,4 million d'euros, le budget 2014 est un « budget de crise », un « budget d'alerte », estime son président Mohamed Amara. Il appelle le MESR à prendre ses responsabilités face à un déficit structurel de financement de la masse salariale État, chiffré à 1,6 million d'euros par an, et qui amenuise les ressources propres de son établissement, s'inquiète-t-il auprès d'AEF le 27 janvier 2014. « Nous devons faire plus avec moins », constate Mohamed Amara, qui refuse de « faire le sale boulot » de fermer des formations ou des antennes à la place de l'État.
L'UPPA (Université de Pau et des pays de l'Adour) a largement organisé sa recherche autour de partenariats industriels (avec Elf-Total notamment) mais l'absence de « point d'ancrage satisfaisant » de l'université dans le cadre des PRES risque d'être préjudiciable aux relations avec le monde socio-économique, estime l'Aeres. Dans son rapport daté de septembre 2010, l'agence d'évaluation juge aussi « préoccupante » la diminution des effectifs étudiants de l'université du sud aquitain (-21 % entre 1998 et 2009), qui affecte surtout le site de Pau et le niveau L, avec près de 30 % de baisse contre une hausse de 10 % des effectifs en master et une stabilisation en doctorat (1). « Si certaines actions comme le suivi qualité des formations ou l'organisation de la valorisation de la recherche sont efficacement structurées par l'établissement, le pilotage central paraît absent ou faible pour l'offre de formation et la construction d'une politique de la recherche », conclut l'Aeres.