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Ces 6 derniers mois, l'Université de Bourgogne Franche-Comté a fortement mobilisé les entreprises, expliquent en conférence de presse, le 22 octobre 2015, Alain Dereux et Annie Vinter, qui portent la candidature isite pour l’UBFC et ses 9 partenaires. 73 entreprises ont apporté un soutien chiffré à l’isite. Conséquence : UBFC sollicite 421 M€ de capital, contre 313 lors des auditions de présélection en avril 2015. Dans le dossier qu’elle a déposé, l’UBFC a par ailleurs affiné son modèle d’université fédérale, dans lequel tous les laboratoires de recherche sont appelés à devenir des entités fédérales qui contractualiseront avec l’UBFC. Après avoir adopté le principe d’une signature scientifique commune, les CA des établissements membres ont également pris un certain nombre d’engagements assurant la réalisation des objectifs définis en commun, sans risque de blocage.
Cinq des sept membres de la future Comue Bourgogne Franche-Comté ont, au 18 juillet 2014, adopté les statuts de ce nouvel EPCSCP. L’Ensam et l’ESC Dijon Bourgogne doivent voter d’ici à la fin de l’été. Les statuts prévoient le transfert, à la Comue, des écoles doctorales et de la dotation de l’État aux laboratoires. "La recherche sera donc un vrai moteur pour impulser la politique commune", souligne Alain Bonnin, président de l’université de Bourgogne. Ce choix, "politique", permettra d’appuyer la candidature de la Comue aux isite. Dans un entretien à AEF, Alain Bonnin précise également les choix opérés lors de la rédaction des statuts de la Comue. Ces statuts limitent, notamment, le nombre des représentants des personnels au CA qui devront constituer des listes inter-établissements.
« S'il était possible de prévoir ultérieurement un cadre adéquat pour récompenser comme elles le mériteraient des initiatives de ce type, remarquables mais trop loin du niveau 'mondial', le jury en serait particulièrement heureux », écrit Jean-Marc Rapp, président du jury des idex (initiatives d'excellence), dans un courrier qu'AEF s'est procuré, daté du 2 avril 2011, adressé à Valérie Pécresse, alors ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, au lendemain de la phase de présélection de la première vague de projets idex (AEF n°244866). « Le jury pense tout particulièrement aux projets Humanidex (Bourgogne - Franche-Comté) et Ingexys (Lorraine), portés par des équipes dynamiques et motivées, et présentant de nombreux atouts qui en feraient des centres d'excellence reconnus au niveau national », précise Jean-Marc Rapp.