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Lors d’un processus de fusion d’universités, les services documentaires voient leur positionnement se transformer en passant d’un objectif de "développer une coopération interuniversitaire" à un enjeu de "mettre en place une nouvelle politique d’établissement à plus grande échelle, et d’intégrer cette politique dans des réseaux nationaux". C’est ce que constate l’IGB dans un rapport publié fin juin 2015, comprenant 23 recommandations émises à partir de l’analyse des fusions d’universités opérées à Aix-Marseille, Bordeaux, en Lorraine et à Strasbourg. Abordant notamment la question statutaire, l’IGB privilégie le modèle de service commun de la documentation à celui de direction de la documentation. L’inspection prévient aussi qu'"une des démarches à engager très tôt" est de "redéfinir les fonctions et les métiers dans le cadre nouveau".
La mise en œuvre des Comue "impacte la documentation et l'information scientifique et technique, qui sont des leviers privilégiés de la mutualisation", mais l'hétérogénéité des systèmes d'information en place dans les établissements rend difficile "un bilan global de la documentation à l'échelle du site universitaire". C'est ce que souligne l’Inspection générale des bibliothèques dans son rapport annuel 2013 publié le 6 mai 2014. L'IGB livre ainsi des indicateurs utilisables dans ce contexte, et cohérents avec ceux "déjà mis en place dans la cadre de la LOLF ou d’autres dispositifs nationaux ou internationaux (tel U-Multirank au niveau européen)". Par ailleurs, l'inspection souligne que "le surenchérissement constant du coût de la documentation électronique, dont les effets se font encore plus durement sentir en ces temps de restrictions budgétaires", représente un "point préoccupant".
Si des « progrès incontestables en province comme en Île-de-France » sont perceptibles au niveau des bibliothèques médicales avec parfois « des volumes d'ouverture qui concurrencent les meilleures bibliothèques étrangères », le bilan apparaît « plus nuancé dans les autres disciplines ». C'est ce que constate l'Inspection générale des bibliothèques dans un rapport rendu public en décembre 2012 sur « l'extension des horaires d'ouverture des bibliothèques », remis en novembre dernier à la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et à la ministre de la Culture et de la Communication (AEF n°198785). Au final, près de la moitié des bibliothèques universitaires n'ouvrent pas après 19h, et 27 % ne sont pas ouvertes le samedi.