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Sorbonne Universités et le Collège de France ont signé début juin 2015 une convention pour "favoriser et formaliser" les échanges portant notamment sur "l’accueil de doctorants Sorbonne Universités, dans les laboratoires et auprès des chaires du Collège de France", informe la Comue sur son site internet. Le Collège de France rappelle qu'il entretient avec les membres de Sorbonne Universités "des collaborations scientifiques et de diffusion des connaissances très soutenues", particulièrement avec l’ UPMC, Paris-IV et le MNHN, se partageant la cotutelle de plusieurs unités mixtes de recherche. Les deux partenaires précisent que "cette convention formalise la collaboration entre [la Comue] et le Collège de France, membre fondateur de la Fondation de coopération scientifique PSL, sans que pour autant celui-ci ne devienne membre ou ne soit associé au contrat de site" de Sorbonne Universités.
Pour l'Aeres, le Collège de France devrait articuler « plus clairement » son positionnement dans le PRES PSL et sa vision stratégique. C'est ce que relève l'agence dans un rapport d'évaluation de l'institution daté d'août 2013 qui souligne à ce titre « l'insuffisance du débat interne sur certains enjeux, notamment sur ceux que recouvre son appartenance au PRES PSL ». Serge Haroche, administrateur du Collège, indique dans sa réponse qu'il ne souhaite pas que l'établissement intègre une CUE sous la forme d'un EPSCP car il entend « préserver son identité statutaire », mais réaffirme « son plein engagement dans les projets partagés de la FCS PSL ».