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Un pôle scientifique, animé par le PDG, Jean-Paul Moatti ; un pôle "développement, enjeux globaux et partenariats", animé par le directeur général délégué Jean-Marc Châtaigner ; et un pôle "appui à la recherche et au rayonnement scientifique international", animé par un secrétaire général. Tel est le projet d’organigramme du "premier niveau hiérarchique" que la direction de l’IRD va soumettre en CTEP le 19 juin 2015 et au CA, récemment renouvelé, le 10 juillet. Par ailleurs, tirant les conclusions d’un rapport d’audit "sur l’organisation et le fonctionnement" de l’Institut remis le 11 juin, la direction annonce une "révision" à venir du mode de pilotage d’ensemble de l’établissement, soit une "clarification" des "flux d’information entre les différentes structures, des processus de décision, du rôle de l’encadrement et des relations avec l’ensemble des personnels de l’IRD".