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"Nos réalisations depuis 4 ans se comparent fermement aux idex déjà labellisées, nous n’hésiterons pas à le dire devant le jury", affirme Jean-François Pinton, président de l’ENS Lyon et pilote du projet d’idex porté par la Comue Université de Lyon, lors d’une présentation de la candidature le 4 mai 2015. L’Université de Lyon candidate en 2016, dans la "seconde vague" du PIA2 (lire sur AEF) : l’évaluation du Palse (Programme avenir Lyon-Saint-Étienne), son idex probatoire obtenue en 2012 lors du PIA1 (avec une dotation de 27 M€ sur trois ans), se substitue à la phase de présélection. Le site vise plus de 25 M€ de financements directs par an, soit "3 fois ce que le Palse permet" : l’idex permettrait donc "de transformer l’essai", souligne Khaled Bouabdallah, le président de la Comue. Un site internet est ouvert jusqu’au 18 mai 2015 pour recueillir des contributions sur le projet.
Après l'évaluation des initiatives d'excellence prévue au premier semestre 2016, le site de Lyon Saint-Étienne « demandera un budget plus élevé », déclare Jacques Samarut, président de l'ENS de Lyon et responsable du « programme avenir Lyon Saint-Étienne » (Palse), lors d'un point d'étape le 9 juillet 2013. Le site « sera évalué sur ses acquis », en même temps que les autres idex (AEF n°187396), et ne sera pas candidat au nouvel appel à projets annoncé par le gouvernement le même jour (AEF n°185872). Le Palse, financé depuis 2012 (AEF n°215023), « conduit les établissements à bâtir des stratégies communes », apprécie Jacques Samarut. « Nous comptons sur les projets concrets pour aider à structurer le site, qui travaille sur l'hypothèse d'une communauté d'universités », ajoute Khaled Bouabdallah, président de l'université Jean-Monnet de Saint-Étienne et du PRES Université de Lyon.