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"Renforcer l’équité, notamment pour les PME, en matière de contrôles liés à l’utilisation du crédit impôt recherche." C’est ce que recommande Alma Consulting Group, dans une étude intitulée "CIR : le dispositif, plébiscité par les entreprises, a un impact positif sur l’emploi", publiée mercredi 29 avril 2015. "Le CIR est un dispositif déclaratif et son contrôle est indispensable pour éviter tout effet d’aubaine ou de détournement de son objet", pointe l’étude. Néanmoins, "la procédure de contrôle doit être sensiblement améliorée afin d’assurer davantage de sécurité au contribuable", estime le cabinet de conseil qui juge que "l’intervention du MENESR reste floue et peu encadrée". En outre, l’étude suggère d’aligner le taux du crédit impôt innovation sur celui du CIR et formule des propositions pour améliorer le rescrit fiscal.
« Il faut assurer à la fois la pérennité du CIR et sa stabilité. Ce dispositif de soutien à la R&D touche le plus grand nombre d'entreprises, et il ne s'agit pas seulement des grands groupes ou des PME importantes », déclare Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche lors du salon des entrepreneurs, organisé mercredi 5 février 2014 à Paris. « Je tiens à lever certaines ambiguïtés : l'engagement du gouvernement pour le CIR est entier et clair. Certains s'inquiètent parfois d'un prétendu durcissement des contrôles. Ce ressenti, que j'entends, n'est cependant pas vérifié par les statistiques : les expertises réalisées par le MESR, lorsqu'il est sollicité par les services fiscaux, ne sont guidées que par le cadre fixé par la loi et non par des instructions politiques », pointe la ministre. « Preuve s'il en est : les statistiques sur le résultat des contrôles sont stables », assure-t-elle.
Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche annonce sur son site internet, depuis le 17 septembre 2010, qu'il « procède au recrutement d'experts externes pour la partie scientifique et technique des contrôles du CIR, qui est fondamentale pour assurer la bonne mise en oeuvre et l'efficacité de cette incitation à la recherche des entreprises ». « Le montant du CIR a été multiplié par trois en quelques années, il est normal que les contrôles progressent également », indique à AEF Frédérique Sachwald, directrice du département des politiques d'incitation à la R&D des entreprises, jeudi 23 septembre 2010. « Par ces recrutements, dont le nombre n'est pas défini, nous souhaitons simplement augmenter notre réseau d'experts », explique-t-elle.
Un syndicat non-signataire du protocole d’accord préélectoral mais affilié à une fédération ou à une union de syndicats qui a signé ce PAP, qu’elle soit ou non représentative, ne peut contester la validité de ce protocole. Dès lors, le syndicat ne peut demander l’annulation à ce titre des élections professionnelles dans l’entreprise. C’est ce que considère la Cour de cassation dans un arrêt publié du 22 mars 2023.