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Michel Sapin, ministre des Finances et des Comptes publics, et Christian Eckert, secrétaire d’État au Budget annoncent mercredi 1er avril 2015 la création d’un comité consultatif pour le crédit impôt recherche, dont l’objectif est de "favoriser le dialogue sur les litiges concernant l’éligibilité de certaines dépenses de recherche". "Cette instance, qui pourra être saisie par le contribuable ou par l’administration avant la fin du contrôle comprendra un magistrat, un représentant de l’administration fiscale et un expert disposant des compétences techniques adaptées à la spécificité du CIR ou du CII et n’ayant pas eu à connaître du litige", est-il précisé. La création de ce comité fait partie des quatre mesures annoncées par le gouvernement visant à "améliorer les relations entre l’administration fiscale et les entreprises".
« Il faut assurer à la fois la pérennité du CIR et sa stabilité. Ce dispositif de soutien à la R&D touche le plus grand nombre d'entreprises, et il ne s'agit pas seulement des grands groupes ou des PME importantes », déclare Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche lors du salon des entrepreneurs, organisé mercredi 5 février 2014 à Paris. « Je tiens à lever certaines ambiguïtés : l'engagement du gouvernement pour le CIR est entier et clair. Certains s'inquiètent parfois d'un prétendu durcissement des contrôles. Ce ressenti, que j'entends, n'est cependant pas vérifié par les statistiques : les expertises réalisées par le MESR, lorsqu'il est sollicité par les services fiscaux, ne sont guidées que par le cadre fixé par la loi et non par des instructions politiques », pointe la ministre. « Preuve s'il en est : les statistiques sur le résultat des contrôles sont stables », assure-t-elle.
« Au delà de la polémique qui émerge sur la recrudescence des contrôles, la forte augmentation des contrôles fiscaux relatifs au CIR (crédit impôt recherche), si elle est réelle, n'en demeure pas moins en ligne avec l'augmentation importante du nombre de déclarants », constate le cabinet de conseil Lowendalmasaï dans une étude intitulée « Réalité et perception du crédit impôt recherche, 4e édition » (1), publiée jeudi 17 octobre 2013. Toutefois, « la relative stabilité des contrôles fiscaux dits 'contrôles sur place' cache en réalité l'explosion des contrôles a priori qui n'entrent pas dans les statistiques officielles », pointe le cabinet. « Ainsi, en trois ans, la part d'entreprises qui ont dû justifier leurs déclarations CIR auprès de l'administration au moment de leur déclaration est passée de 8 % à 24 % », chiffre Lowendalmasaï.
Le ministère de l'Économie et des Finances publie une instruction fiscale relative aux dépenses éligibles au crédit impôt innovation, mercredi 9 octobre 2013. Il est précisé que « les dépenses éligibles sont plafonnées à hauteur de 400 000 euros par an et le taux du crédit d'impôt calculé au titre de ces dépenses est fixé à 20 % ». Ainsi, « pour qu'il y ait innovation, un produit ne doit pas déjà avoir été mis en oeuvre par d'autres agents économiques opérant dans le même environnement concurrentiel : il faut que le produit soit nouveau sur le marché considéré », détaille le document. « La progression des performances doit donc être mesurée par rapport à la référence constituée par l'offre de produits existants sur le marché considéré à la date du début des travaux d'innovation », signale Bercy.