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Un "bon usage" des classements est d’en retenir "ce qu’ils disent sur le système français d’enseignement et de recherche dans l’espace mondialisé", déclare Alain Fuchs, président du CNRS, dans une interview à AEF le 12 mars 2015. Il en va ainsi, illustre-t-il, du nouveau classement Nature Index (lire sur AEF), qui livre plusieurs enseignements. D’abord que le CNRS en occupe la 1re place non par sa taille, mais par "l’excellence" de ses publications. Or, retient Alain Fuchs, la signature du CNRS étant largement partagée avec les universités, "c’est la collaboration entre organismes et universités qui engendre l’excellence". Le classement montre d’ailleurs que ce "système hybride" organismes-universités est "loin d’être une exception" française. Enfin, les regroupements et les signatures communes permettraient d’avoir 5 ou 6 établissements français dans le top 20.
L’université de Rockefeller arrive en tête du classement 2014 de Leiden sur l'impact des publications scientifiques, suivie du MIT, de l’université Harvard, de l’université de Californie Berkeley et de l’université de Stanford – toutes cinq localisées aux États-Unis. Première institution française, l’École normale supérieure se positionne à la 57e place. Réalisé par l’université de Leiden (Pays-Bas), ce classement se fonde sur l’analyse de la base de données des publications scientifiques du Web of science de Thomson Reuters pour la période 2009-2012 et plus précisément, pour sa partie "impact", sur l’analyse des citations de ces publications. Dans une autre section, le classement analyse la part des collaborations dans les publications des institutions : l’université de Montpellier-I s’y positionne au 4e rang mondial, derrière trois universités taïwanaises.
Le président du CNRS, Alain Fuchs, annonce que son organisme « a l'intention de participer aux Comue comme membre fondateur à chaque fois qu'on le lui demandera, sous réserve qu'il y ait un projet scientifique ambitieux et tourné vers l'international ». Il fait cette déclaration lors d'une journée nationale d'accueil des nouveaux directeurs d'unités de recherche organisée par le CNRS, la CPU et l'Amue, le 3 février 2014 à Paris (AEF n°474897). Jean-Loup Salzmann rappelle que ces Comue « ont deux grandes fonctions que n'avaient pas les PRES : coordonner les politiques de formation et de recherche avec les partenaires des universités, dans une logique de coopération ». Plusieurs directeurs de laboratoire expriment néanmoins des réserves, liées à la difficulté de concilier la logique des regroupements institutionnels et celle des collaborations scientifiques.
Une simulation de classement effectuée par l'ARWU, l'organisme chinois auteur du classement de Shanghai, et prenant en compte les PRES français fait apparaître que le campus Paris-Saclay (1) se placerait au 19e rang mondial s'il était considéré comme un seul et même établissement. Dans le véritable palmarès de Shanghai 2011, la première université française, Paris-Sud XI, se classe 40e (AEF n°234629). Le PRES PSL (Paris Sciences Lettres) Étoile se classerait 30e, devant Sorbonne Universités, 33e, et Université Paris Cité, 43e. Deux autres PRES arriveraient dans les 150 premiers mondiaux (Université de Grenoble et Université de Lyon) tandis que les PRES Université de Toulouse et Université Montpellier Sud-de-France seraient dans les 200 premiers. Cette simulation a été réalisée cet été avec l'appui de l'OST (Observatoire des sciences et techniques), qui a fourni à l'ARWU les mots-clés à utiliser pour les repérages des publications ainsi que la composition exacte des divers regroupements, indique à AEF Ghislaine Filliatreau, directrice de l'OST.