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Un financement destiné aux universités "mal connu" ; une absence de consolidation des crédits budgétaires et extra-budgétaires ; un pilotage stratégique de l’État "inadapté" à l’autonomie à travers un modèle d’allocation des moyens "réduit à un simple outil d’aide à la décision" et un contrat quinquennal "assorti d’aucune dimension incitative" ; des rectorats qui n’ont pas assumé leurs responsabilités d’accompagnement ; un pilotage stratégique du SI des universités pas assumé par l’État. Tel est l’essentiel des constats dressés par la Cour des comptes dans un référé sur "l’allocation des moyens de l’État aux universités" adressé au gouvernement en novembre 2014 et rendu public le 27 janvier 2015. Elle y affirme que les universités ont bénéficié, depuis 2007, de moyens en hausse, et qu’ainsi la France dépense plus par an et par étudiant que la moyenne de l’OCDE : 12 047 € contre 10 936 €.
La Dgesip présente, dans un document de travail daté du 30 septembre qu’AEF s’est procuré, les évolutions du modèle d’allocation des moyens des établissements d’enseignement supérieur qu’elle envisage pour le budget 2015. Le nouveau modèle "conforte la globalisation des moyens des établissements et respecte leur autonomie budgétaire. Il fonctionne en référence à des clés de répartition pour chacun des indicateurs retenus." L’un des principaux changements apportés au modèle Sympa, mis en place depuis 2008, est l’intégration dans le modèle, en plus du fonctionnement, de la masse salariale. La Dgesip propose d’en "sanctuariser" 70 % et d’en "réinterroger" 30 % au regard des indicateurs d’activité et de performance, qu’elle souhaite aussi faire évoluer. Ces premières pistes seront soumises la semaine prochaine à la CPU et la Cdefi et un modèle stabilisé devrait être présenté en novembre.
"Malgré des situations individuelles difficiles (4 universités ont enregistré un 3e déficit consécutif en 2012), les déficits cumulés des établissements - 46 M€ - ne représentent que 0,4 % des crédits de fonctionnement des universités en 2012", indique la Cour des comptes dans sa note d’analyse de l’exécution du budget 2013 de l’État consacrée à la Mires. Contrairement à ce qu’elle écrivait l’an passé, elle estime ainsi que "la santé financière des universités reste globalement satisfaisante". La Cour souligne en outre que "la Mires n’a pas connu de dépassement en exécution" mais pointe le fait qu' "une attention particulière devra être portée aux conditions de financement de l’immobilier universitaire et du logement étudiant". Elle note enfin que "la pratique actuelle qui consiste à gager les dépassements par annulation des crédits de paiement de l’ANR va trouver ses limites dès 2014".
Dans une note sur « le contexte budgétaire des universités » établie pour le compte de la CPU le 16 novembre 2011, et qu'AEF s'est procurée, Michel Dellacasagrande, ancien directeur des affaires financières du MESR, estime que « s'agissant de la soutenabilité de la masse salariale, on voit mal le type de contrôle que les recteurs sont en capacité d'opérer aussi longtemps que n'auront pas été établies les règles d'actualisation de la masse salariale ». Il poursuit : « Lorsque par ailleurs des décisions interviennent en cours d'exercice budgétaire, ainsi que c'est le cas cette année pour le GVT (glissement vieillesse technicité), comment [les recteurs] peuvent-ils s'assurer de l'adéquation entre prévision de dépenses et prévision de recettes ? Enfin on peut attendre des services rectoraux qu'ils opèrent une distinction entre des déficits lourds de fonctionnement liés le plus souvent à une mauvaise estimation de l'évolution de la masse salariale et des déficits purement faciaux occasionnés par la régularisation d'écritures comptables. »