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Le rapport du CGAAER, du CGEDD et de l'Igas, intitulé "Pour une meilleure efficacité et une simplification des dispositions relatives à la protection des captages d’eau potable", daté de juin 2014 et publié le 25 août, souligne que "la qualité de la ressource en eau ne s’améliore pas au droit des captages", malgré le lancement du programme des "500 captages Grenelle" et alors que toutes les aires d’alimentation de captage doivent être en "bon état" d’ici 2015 selon la directive cadre sur l'eau. Les trois inspections générales notent plusieurs causes à ce retard comme "la complexité intrinsèque du sujet", le fait que "les solutions curatives ou palliatives sont plus faciles à mobiliser que les approches préventives" ou encore "la superposition de compétences" et détaille 20 recommandations.
Pour "apporter des réponses à l'agriculture conventionnelle", la FP2E (Fédération professionnelle des entreprises de l’eau) et les chambres d’agriculture "renforcent leur démarche partenariale" qui existe depuis 2009 pour la protection des captages d’eau potable, par la signature d’un nouvel accord de coopération mercredi 30 avril 2014. Les deux partenaires, soulignant l'importance de leur "troisième partenaire" sur le terrain, les collectivités locales, prennent l’exemple d’Orléans, où une convention tripartite pluriannuelle entre la mairie, la Lyonnaise des eaux et la chambre d’agriculture du Loiret, a été signée en 2000, pour la protection des trois points de captage prioritaires classés "Grenelle". "Ces conventions successives ont eu des effets positifs ! À partir de 2006, il y avait beaucoup moins de molécules phytosanitaires", selon Rodolphe Petitdemange de la Lyonnaise des eaux.
Le ministre en charge du Développement, Pascal Canfin, rappelle à l'issue de la première journée de la conférence environnementale, vendredi 20 septembre 2013, les trois thèmes de la table ronde qu'il préside : qualité de l'eau, gestion quantitative de l'eau, et enfin gouvernance de l'eau. « Sur le thème de la qualité de l'eau, la question de la pollution diffuse, à travers l'utilisation des pesticides par les particuliers par exemple, dont les rejets sont difficiles à contrôler, a été évoquée. » « Nous avons échoué à réconcilier FNE et la FNSEA », ironise-t-il. La continuité écologique, grâce à la trame verte, est l'autre sujet évoqué. « Des propositions ont émergé, telles que celle d'instaurer un bonus-malus sur les produits azotés, afin d'aller vers un modèle plus vertueux, mais cela n'est pas tranché. » Autre proposition : améliorer le captage. « Des annonces pourraient être faites pour augmenter la quantité et la qualité des captages. » Sur le thème de l'irrigation, deux propositions ont été émises : « Modifier les règles de l'irrigation et intégrer l'adaptation au changement climatique dans les schémas régionaux et départementaux de gestion de l'eau ». Si les clivages classiques agriculteurs-ONG ont émergé ce vendredi, les différentes parties prenantes s'attendent à des débats plus difficiles samedi sur la gouvernance.
« En France, la principale cause d'abandon de captage est liée à la qualité de la ressource en eau », constate la DGS (direction générale de la santé) dans un rapport rendu public mardi 6 mars 2012. La direction du ministère de la Santé s'est intéressée à l'abandon de 4 811 captages d'eau sur la période 1998-2008, sur les 34 000 ouvrages que compte la France. Elle constate que 41 % d'entre eux ont été abandonnés du fait d'une mauvaise qualité de la ressource. « Les pollutions diffuses d'origine agricole (nitrates et/ou pesticides) sont à l'origine du plus grand nombre d'abandon avec 878 captages concernés », soit 19 % d'entre eux, « la microbiologie et la turbidité arrivant en seconde position avec 588 captages abandonnés » (13 %).