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Une recherche interrégionale, internationale, et interdisciplinaire : tels sont les trois axes de la stratégie de recherche portée par l'université de Nantes, que Frédéric Benhamou, vice-président recherche de l'université, a présentée à la presse le 21 janvier 2014. Si « l'internationalisation est la base la recherche », et « le travail interrégional nécessaire », la question de interdisciplinarité est plus complexe : « Tout le monde a pris conscience, ces dernières années, que l'interdisciplinarité était la clé des grandes problématiques et des grandes découvertes de demain », affirme Frédéric Benhamou. « Il reste des questions à résoudre, comme celle de l'évaluation des chercheurs qui font de l'interdisciplinaire, mais le virage est pris. » Pour développer cette interdisciplinarité en interne, l'université de Nantes a lancé un appel à projets interdisciplinaires, doté de 1,5 million d'euros sur cinq ans.
Le Ceser Pays-de-la-Loire suggère à la région de « défendre un projet interrégional Bretagne/Pays-de-la-Loire » en matière d'enseignement supérieur et de recherche, « articulé sur les universités de plein droit (Angers, Brest, Le Mans, Lorient-Vannes, Nantes, Rennes) ». Il le propose dans un rapport intitulé « L'enseignement supérieur des Pays-de-la-Loire dans le système universitaire mondial : observateurs ou acteurs ? », voté le 8 octobre 2012 (61 voix pour, 29 contre, neuf absentions). « Les axes Nantes-Rennes et Nantes-Brest pour certaines disciplines doivent jouer un rôle moteur dans cette structuration qui ne doit toutefois pas se polariser sur deux ou trois grandes métropoles mais plutôt alimenter un réseau de sites de villes moyennes », ajoute le rapport.