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« Nous observons une progression exponentielle des contrôles liés au crédit impôt recherche », confirme à AEF Guy Mamou-Mani, président du Syntec numérique (1), mercredi 4 septembre 2013. « Sur les 1 200 entreprises qui composent notre réseau, 150 à 200 sont directement concernées », poursuit-il. « Je vais demander un moratoire de six mois afin de ralentir les contrôles », indique Guy Mamou-Mani. Une commission tripartite regroupant le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, Bercy et le Syntec numérique a ainsi été installée en juillet. Cette dernière va « agir rapidement dans l'optique de requalifier les critères d'éligibilité des travaux de recherche des entreprises dans le secteur du numérique afin de faciliter les contrôles de l'administration fiscale », annonce le MESR, contacté par AEF. « Le gouvernement a compris le caractère d'urgence », se félicite le président du Syntec numérique.
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Le montant des dépenses déclarées par les entreprises a atteint 18,39 Md€ et la créance du crédit impôt recherche a augmenté de 3 % pour atteindre 5,17 Md€ en 2011. C'est l'un des enseignements de la note intitulée « le crédit impôt recherche en 2011 », publiée par le ministère de la Recherche et de l'Enseignement supérieur, mercredi 17 juillet 2013 (1). En outre, « le nombre de déclarants a très fortement augmenté et en 2011, près de 20 000 entreprises ont déposé une déclaration », chiffre la note. Au total depuis 2007, le nombre de déclarants à doublé. Ainsi, 30,7 % des entreprises de moins de 250 salariés ont déclaré des dépenses éligibles au CIR, contre 30 % pour les ETI (entreprise de taille intermédiaires) et 24,2 % pour les grandes entreprises de plus de 5 000 salariés. Par ailleurs, « depuis cinq ans, les entreprises ayant embauché des jeunes docteurs grâce au dispositif sont passées de 927 à 1 143, soit une augmentation de 23 % », détaille la note.
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Il existe un « risque (…) lié au chiffrage délicat de la dépense fiscale associée au crédit d'impôt recherche », alerte la Cour des comptes dans son rapport sur les résultats et la gestion budgétaire de l'État en 2012, rendu public mardi 28 mai 2013 et dont une annexe est consacrée à l'analyse de l'exercice 2012 de la Mires (mission interministérielle « recherche et enseignement supérieur »). Ce « risque » est également lié, ajoutent les magistrats, « au décalage entre le niveau élevé de la créance constituée par les entreprises et le niveau beaucoup plus bas de la dépense fiscale constatée en 2011 et 2012 » (AEF n°213876). Or la Cour note que ce risque n'est « pas évalué dans les documents budgétaires ». Aussi recommande-t-elle d' « accélérer la production des données relatives au crédit d'impôt recherche » et d' « intégrer dans les prévisions budgétaires de 2014 le ressaut inéluctable de la dépense fiscale à cette échéance ».
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« Le contrôle fiscal est plus fréquent lorsqu'une entreprise utilise le crédit impôt recherche. En 2011, près de 48 000 vérifications fiscales ont été menées en entreprises, représentant 1,3 % des entreprises françaises. En parallèle, 7,9 % des entreprises bénéficiaires du CIR (crédit impôt recherche) ont fait l'objet la même année d'une expertise du MESR, essentiellement dans le cadre de contrôles fiscaux. » C'est l'une des conclusions d'une note intitulée « CIR et contrôle fiscal : halte aux idées reçues et place aux bonnes pratiques pour bénéficier du dispositif en toute sécurité », publiée par le cabinet de conseil Sogedev, mardi 26 février 2013. « Faire du CIR peut augmenter le risque de contrôle fiscal, sans pour autant y donner lieu de manière systématique », résume le cabinet.
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« Depuis 2006, l'administration fiscale opère entre 200 et 700 rectifications sur le crédit impôt recherche par an dans le cadre des vérifications de comptabilité, ce qui représente en moyenne 0,8 % du nombre total de ces dernières opérations (environ 48 000 entreprises vérifiées). » C'est ce qu'écrit Pierre Moscovici, ministre de l'Économie et des Finances dans une réponse adressée au député UMP de la Loire, Dino Cinieri, datée du 15 janvier 2013, qui l'interroge sur « les liens de causalité entre le crédit d'impôt recherche et les contrôles fiscaux, ainsi que sur les moyens qu' il entend mettre en oeuvre afin de stopper ce phénomène anti-productif ». « De nombreux chefs d'entreprises se sont félicités de la mise en oeuvre de ce dispositif ; pour autant, les sociétés ayant fait appel à ce dernier subissent apparemment des contrôles fiscaux d'une manière presque systématique », fait observer Dino Cinieri.
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« En 2011, 55 % des entreprises bénéficiaires du crédit impôt recherche ont subi un contrôle contre 33 % en 2010, soit une progression de 67 % en 18 mois », indique le cabinet de conseil LowendalMasaï, dans une étude (1) intitulée « réalité et perception du crédit impôt recherche par les entreprises : gestion et contrôle du CIR », publiée en décembre 2011. « Si l'intervention du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche était jusqu'alors peu fréquente, avec 3 % des contrôles fiscaux en mars 2010, elle est désormais beaucoup moins rare avec 17 % des cas », fait observer l'étude. À l'issue de cette enquête, LowendalMasaï formule plusieurs recommandations : « Ne plus remodeler le CIR au gré des discussions parlementaires » ; « maintenir le remboursement anticipé du CIR pour les entreprises de moins de 250 salariés » ; « mieux figer les règles du contrôle, notamment lors de la phase contradictoire, le ministère des Finances et celui de la Recherche ayant en la matière des procédures et des objectifs divergents » ; « sensibiliser les entreprises aux caractéristiques du contrôle » ; « s'inspirer de certains dispositifs 'CIR' étrangers, qui accordent une place plus importante à la R&D systémique (Canada), ou proposent une vision plus large de l'innovation éligible (Espagne) ».
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