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Le projet d'idex du site de Lyon « doit pouvoir progresser au cours de sa période probatoire et être évalué sur ses acquis, plutôt que de recommencer une série de démarches pour candidater au nouvel appel à projets », affirme Gérard Collomb, sénateur-maire de Lyon (PS), dans un entretien à AEF le 10 octobre 2013. Avec le projet de loi « d'affirmation des métropoles », le budget du Grand Lyon passera le 1er janvier 2015 à 3 milliards d'euros, quand l'agglomération va récupérer les compétences du département sur son territoire. Gérard Collomb indique que selon ce projet de loi, dans le domaine de l'ESR, « il est clairement dit que la stratégie est d'abord définie par la métropole, puis prise en compte dans le schéma de la région ». Pour les acteurs locaux, le président du Grand Lyon recommande une communauté d'universités et d'établissements « fondée sur le principe de subsidiarité ».
Les métropoles ne pourront pas entrer au capital de sociétés commerciales intervenant au profit des PME et PMI locales en matière de soutien à l'innovation et au transfert de technologies, telles que les Satt (sociétés d'accélération du transfert de technologie). Telle est la décision des députés, réunis en séance publique vendredi 19 juillet 2013 lors de la discussion en première lecture du projet de loi de « modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles ». Les députés se sont notamment opposés à l'amendement de Christian Estrosi (UMP, Alpes-Maritimes) déposé à l'article 31 qui entendait « garantir la position de force des métropoles en matière de développement économique en les faisant entrer au capital des Satt ». Le vote solennel sur l'ensemble du texte est prévu mardi 23 juillet 2013.
« La région verra ses prérogatives renforcées en matière de développement économique, d'innovation et d'internationalisation des entreprises, en même temps qu'elle intégrera la stratégie définie par la métropole sur son territoire », déclare Marylise Lebranchu, ministre de la Réforme de l'État, de la Décentralisation et de la Fonction publique, vendredi 12 avril 2013. Elle s'exprime lors d'un déplacement à Grenoble avec Geneviève Fioraso, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, à l'occasion du cinquantième anniversaire du campus grenoblois du CNRS et de l'inauguration d'un nouveau bâtiment dédié aux nanosciences. Quant aux métropoles, poursuit la ministre, « elles seront aux côtés des régions pour participer à la gouvernance des pôles de compétitivité » (AEF n°191895). Au cours de ce déplacement, les deux ministres soulignent qu'elles ont « travaillé ensemble » sur leurs projets de loi respectifs (ESR et décentralisation), qui « sont complémentaires et se répondent pour valoriser les écosystèmes territoriaux tout en redonnant à l'État son rôle de stratège ».
« Lyon et Saint-Étienne sont des villes universitaires, en revanche nos autres territoires n'ont plus de présence universitaire : il y a peut-être un certain nombre de manques auxquels le pôle peut aider à remédier » », déclare à AEF Jean-Yves Sécheresse, vice-président du Grand Lyon délégué à la stratégie de coopération métropolitaine, au sujet du nouveau « pôle métropolitain » qui regroupe depuis juin 2012 les agglomérations du Grand Lyon, de Saint-Etienne Métropole, Porte de l'Isère et Pays viennois.
La communauté d'agglomération du Grand Lyon a voté un « schéma de développement universitaire » (SDU), en partenariat avec le PRES Université de Lyon, le 25 octobre 2010. La collectivité propose un programme d'investissements de 25 millions d'euros de 2011 à 2014, pour les six campus définis dans le schéma.