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La future Comue du site de Lyon Saint-Étienne « ne doit pas être une structure de plus, mais fédérer un ensemble de projets dans lequel chaque établissement pourra s'impliquer », affirme Khaled Bouabdallah, président de l'université Jean-Monnet de Saint-Étienne et de l'Université de Lyon. Réunis pratiquement chaque semaine depuis plus de six mois, les chefs d'établissement des fondateurs du PRES ont défini un ensemble de compétences, que chaque membre s'engagera à mutualiser au niveau « confédéral ». Succédant à un PRES de 20 membres (1), la Comue devra aussi relever le défi d'une « gouvernance efficace ». Sur ce site où les universités représentent plus de 100 000 étudiants sur un total de 130 000, les questions d'équilibre de gouvernance occupent une bonne part des discussions. Geneviève Fioraso doit rencontrer les acteurs de la Comue le 28 février 2014, lors d'un déplacement à Lyon.
Après l'évaluation des initiatives d'excellence prévue au premier semestre 2016, le site de Lyon Saint-Étienne « demandera un budget plus élevé », déclare Jacques Samarut, président de l'ENS de Lyon et responsable du « programme avenir Lyon Saint-Étienne » (Palse), lors d'un point d'étape le 9 juillet 2013. Le site « sera évalué sur ses acquis », en même temps que les autres idex (AEF n°187396), et ne sera pas candidat au nouvel appel à projets annoncé par le gouvernement le même jour (AEF n°185872). Le Palse, financé depuis 2012 (AEF n°215023), « conduit les établissements à bâtir des stratégies communes », apprécie Jacques Samarut. « Nous comptons sur les projets concrets pour aider à structurer le site, qui travaille sur l'hypothèse d'une communauté d'universités », ajoute Khaled Bouabdallah, président de l'université Jean-Monnet de Saint-Étienne et du PRES Université de Lyon.
Centrale Lyon, l'ENS de Lyon, Sciences Po Lyon et VetAgro Sup signent, jeudi 10 janvier 2013, un accord de coopération dans le but de créer un « Collège des hautes études », intitulé « Lyon Science[s] », à partir de la rentrée universitaire 2013, afin « d'enrichir l'offre de formation supérieure et de recherche » existante. Ces quatre écoles devraient être rejointes « dans quelques semaines » par le Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Lyon, ajoutent les chefs d'établissements lors de la présentation du projet.
Le projet d'idex déposé par le PRES Université de Lyon prévoit la création d'une FCS (fondation de coopération scientifique), nommée IHE-LSE (Institut des hautes études Lyon Saint-Étienne) » et abritée par la Fondation pour l'université de Lyon (AEF n°229107), qui sera chargée de la gestion « de l'ensemble des programmes déposés par l'UDL dans le cadre du programme investissements d'avenir », indique l'UDL (Université de Lyon) lors d'une conférence de presse le 6 décembre 2011. Treize établissements du PRES (1) constituent les membres fondateurs de l'idex : ils s'engagent, par la signature d'une charte commune, « à s'acheminer vers la création de l'Université nouvelle de Lyon Saint-Étienne » à partir de 2016, pour une « recomposition du site achevée en 2020 ».