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Selon l'OCDE, « les objectifs des programmes d'initiatives d'excellence en recherche auraient été atteints ». C'est ce que rapporte l'organisation dans un rapport sur la « recherche d'excellence » à paraître le 19 mars 2014, qui « présente de nouvelles données sur la façon dont les gouvernements pilotent et financent la recherche publique dans l'enseignement supérieur et les institutions publiques de recherche par le biais des initiatives d'excellence en recherche ». L'OCDE passe en revue les possibilités offertes par ces initiatives aux centres d'excellence, en termes d'environnement, de visibilité et d'attractivité. Elle pointe quelques défis comme les « coûts administratifs considérables » ou « les frictions » entre équipes. Et souligne que « les effets de la concentration de la recherche dans de grandes institutions d'excellence méritent un examen détaillé ».
« Les premiers retours des appels d'offres 'investissements d'avenir' (…) font s'interroger la communauté universitaire sur l'existence d'une véritable stratégie au sein du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche », écrit lundi 23 mai 2011 « un professeur d'université effectuant sa recherche dans un des labex [laboratoires d'excellence] sélectionnés », qui signe sous le pseudonyme « Aristophane » une note publiée sur le site de Terra Nova (1). S'intéressant « au cas des 'laboratoires d'excellence' », l'auteur conclut qu' « une autre politique doit remplacer cette mise en concurrence par le renforcement de structures de collaboration, et par une politique de financement des laboratoires existants, basée sur des objectifs clairs, des critères d'évaluation transparents, et où l' 'excellence' ne serait pas un label pour une minorité, mais un objectif commun ».