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« La simplification administrative des unités mixtes de recherche est un serpent de mer entre le CNRS et l'Amue », déclare Jean Chambaz, président de l'UPMC, en accueillant dans ses locaux la « journée nationale d'accueil des nouveaux directeurs d'unité », organisée conjointement par le CNRS, la CPU et l'Amue, le 3 février 2014 (AEF n°474897 et n°474701). Alain Fuchs, président du CNRS, et Jean-Loup Salzmann, président de la CPU et de l'Amue, vont « retravailler » ce dossier en 2014 pour apporter aux laboratoires « les meilleurs outils de gestion le plus rapidement possible ». Les échanges ont aussi porté sur la prise en compte des frais indirects des projets de recherche, les « contraintes » de masse salariale et le suivi de carrière des enseignants-chercheurs.
« L'Amue ne dispose ni des moyens financiers, ni des moyens humains qui lui seraient nécessaires pour mener à bien » son plan stratégique, juge l'IGAENR dans un rapport d' « audit » remis à la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, et publié le 16 janvier 2014 (AEF n°473508). Le document revient sur le projet de refinancement de l'agence par la CDC, préconise un report du chantier « pilotage et informatique décisionnelle » ainsi qu'un abandon du projet « patrimoine immobilier ». Les liens avec l'association Cocktail sont également évoqués, l'Amue ne devant « pas se penser comment étant le seul acteur légitime de la mutualisation entre établissements ». L'IGAENR propose à la ministre la création d'un « comité d'orientation stratégique du numérique ». Stéphane Athanase, ancien conseiller technique du Premier ministre, a été nommé directeur de l'Amue le 4 décembre dernier (AEF n°468830).
L'Amue fait face à une « situation financière difficile » avec un projet de budget 2014 qui « confirme le fait que le modèle économique actuel de l'agence mène à une impasse », analyse l'IGAENR dans un rapport d'audit remis en décembre 2013 à la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, et publié le 16 janvier 2014 (AEF n°473495). Le document souligne en particulier que « les retards rencontrés avec Siham (système d'information des ressources humaines dans une approche mutualisée, AEF n°274278) pourraient avoir des conséquences catastrophiques sur la situation financière de l'Amue ». Le déficit cumulé de l'Amue depuis 2005 est de plus de 22 M€.
Le CNRS, la CPU et l'Amue signent un « protocole de travail », jeudi 24 mars 2011, « destiné à simplifier la gestion au profit des laboratoires », notamment des unités mixtes de recherche « où les universités et le CNRS assurent un co-pilotage scientifique, dans la perspective de la délégation globale de gestion ». Le document, qui fait suite à l'accord-cadre signé en novembre 2010 par le CNRS et la CPU (AEF n°256477), « marque le lancement de groupes de travail sur la rationalisation et la convergence des règles de gestion entre les établissements tutelles des laboratoires » qui rendront leurs conclusions le 30 juin 2011. Il prévoit également « la construction d'un nouvel outil de gestion des laboratoires incluant des interfaces entre les systèmes d'information des établissements partenaires », indique l'intranet du CNRS. Le protocole est signé par Alain Abecassis, délégué général de la CPU, Claure Ronceray, directeur de l'Amue, et Xavier Inglebert, directeur général délégué aux ressources du CNRS. La prochaine réunion conjointe de ce « comité de pilotage » est prévue début mai 2011.