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La liste « Notre projet pour l'université de Bordeaux avec Manuel Tunon de Lara » arrive devant la liste FSU-CGT dans les collèges enseignants du conseil d'administration de la nouvelle université fusionnée de Bordeaux, qui réunira en 2014 Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV. Elle obtient 6 élus sur 8 dans le collège A (professeurs) et 5 élus sur 8 dans le collège B (autres enseignants), indiquent les trois universités le 4 décembre au soir. Chez les personnels Biatss, les voix vont à la CGT (3 sièges), à l'Unsa (2 sièges) et au Sgen-CFDT (1 siège). La liste « Inter'assos, l'élan associatif » est majoritaire chez les étudiants avec 4 élus, devant l'Unef (1) et la liste SUD-OSBIV (1). Le Met n'obtient pas de siège. 58 070 personnels et étudiants étaient appelés à élire le CA et le conseil académique du nouvel établissement mardi. Près de 52 % des personnels et près de 15 % des étudiants ont participé à ces scrutins.
Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV ne seront réunies qu'en janvier 2014 au sein d'une même université mais ont déjà retenu et appliquent, depuis cette rentrée, un même régime pour le temps de travail, les congés et les primes de base de leurs personnels Biatss. Cette harmonisation, parfois mal vécue en interne, a coûté « entre 400 000 et 500 000 euros », répondent à AEF dirigeants et syndicats universitaires, et elle sera suivie d'autres. Les trois établissements ont en effet engagé, depuis des mois, une concertation avec les organisations syndicales pour revoir et unifier les conditions d'emploi et la carrière de leurs contractuels ainsi que celles de leurs enseignants-chercheurs. Si la convention de gestion des non-titulaires sera présentée au comité technique du 6 décembre 2013, la réflexion portant sur les enseignants-chercheurs et les Prag/PRCE ne devrait aboutir, elle, qu'à la rentrée 2014.
Avant même le 1er janvier 2014 et leur fusion effective au sein d'une université unique, Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV ont ouvert plusieurs chantiers pour organiser une pré-affectation des 5 635 personnels concernés et repenser leurs conditions de travail et de rémunération dans le nouvel établissement, organisé autour de quatre collèges formation, trois départements recherche, et un regroupement administratif en grands pôles. Cette reconfiguration, opérée à moyens constants, entraînera moins de 300 redéploiements et la création de nouveaux services, sans constitution d'un « hyper-centre », assurent ses promoteurs. Même limitée, cette mobilité inquiète pourtant les personnels, leurs représentants pointant certains travers, dont une « hyper spécialisation des tâches ».
Les statuts de l'Université de Bordeaux ont été adoptés à une courte majorité (47 pour sur 90 inscrits, 16 contre, 15 abstentions) le 11 octobre 2013 par l'assemblée constitutive provisoire qui réunit les CA des trois établissements fusionnés (Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV). Les grandes masses budgétaires pour 2014 ont aussi été approuvées, avec un objectif de 4 millions d'euros de dépenses en moins. Ce qui se traduirait par une trentaine de postes gelés et une baisse de 10 % des crédits de fonctionnement selon les informations d'AEF. « L'Université de Bordeaux démarre dans un contexte financier qui peut mettre en péril le projet », s'inquiète une motion du Snesup-FSU, votée à l'unanimité par les administrateurs et demandant à l'État « d'assumer ses responsabilités » vis-à-vis du nouvel établissement.
Le décret du 3 septembre 2013 créant, au 1er janvier 2014, l'Université de Bordeaux, par fusion de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV, est conforme au projet de décret examiné et rejeté par le Cneser le 15 juillet dernier (AEF n°185445). Publié au Journal officiel le 5 septembre, ce texte entérine deux autres changements : le nouveau nom du PRES bordelais, rebaptisé communauté d'universités et d'établissements d'Aquitaine ; et le transfert, du PRES vers cette nouvelle université de Bordeaux de la gestion de « l'opération campus, du portage des programmes d'investissement d'avenir, et de la coordination des services offerts aux étudiants et de la politique documentaire ». Avec 45 000 étudiants et 5 600 personnels, ce nouvel établissement devient ainsi « la troisième université française (en nombre d'étudiants), hors région parisienne », soulignent ses promoteurs ce 6 septembre.