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Parmi les engagements retenus dans le Pacte d'avenir pour la Bretagne, signé vendredi 13 décembre 2013 (AEF n°472058), figure « l'accompagnement par l'État d'une organisation institutionnelle de l'enseignement supérieur et de la recherche en Bretagne, en lien avec les Pays-de-la-Loire ». De même, dans la perspective du futur appel à projets idex 2, l'État s'engage « à aider les acteurs dans la définition d'un projet qui conjugue les forces et les spécificités de l'enseignement supérieur et de la recherche en Bretagne et Pays-de-la-Loire ». Ce Pacte d'avenir pour la Bretagne valide par ailleurs le financement de différents projets, tels que l'Irset à Rennes, l'IBRBS à Brest, la Cité internationale de Brest, ou la Maison des sciences de l'Homme en Bretagne.
« Les présidents des universités d'Angers, de Bretagne-Sud, du Maine, de Nantes, de Rennes-I et de Rennes-II affirment leur souhait de structurer une CUE (communauté d'universités et établissements) interrégionale dès maintenant, entre la Bretagne et les Pays-de-la-Loire », indique un communiqué diffusé mardi 19 novembre 2013. « Les grandes écoles, les organismes de recherche, les CHU sont impliqués dans la démarche et invités à rejoindre cette dynamique collective », poursuivent les présidents. Seule l'UBO n'est pas signataire de cette déclaration. Pascal Olivard, son président, défend l'idée d'une université de Bretagne.
Le nouvel appel à projets « idex » sera publié début 2014 pour un dépôt des dossiers en fin d'année 2014 et une sélection des projets à l'été 2015, indique le projet annuel de performances qui présente les crédits 2014 de la Mires. Il comprend, pour cette année, un programme 409 « écosystèmes d'excellence » qui retrace les 4,115 Md€ attribués à cette mission dans le cadre du 2e programme d'investissements d'avenir, annoncé en juillet 2013 par Jean-Marc Ayrault. Deux types de projets pourront être retenus : des « campus » pluridisciplinaires de visibilité mondiale et des campus « à spectre disciplinaire plus restreint », par exemple porteurs de projets IRT, IEED ou IHU. Le PAP précise aussi, sur la gouvernance, que les candidats devront « s'engager sur un haut niveau de structuration et d'efficacité », en cohérence avec les choix de regroupement fait en application de la loi ESR.