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Avant même le 1er janvier 2014 et leur fusion effective au sein d'une université unique, Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV ont ouvert plusieurs chantiers pour organiser une pré-affectation des 5 635 personnels concernés et repenser leurs conditions de travail et de rémunération dans le nouvel établissement, organisé autour de quatre collèges formation, trois départements recherche, et un regroupement administratif en grands pôles. Cette reconfiguration, opérée à moyens constants, entraînera moins de 300 redéploiements et la création de nouveaux services, sans constitution d'un « hyper-centre », assurent ses promoteurs. Même limitée, cette mobilité inquiète pourtant les personnels, leurs représentants pointant certains travers, dont une « hyper spécialisation des tâches ».
Les statuts de l'Université de Bordeaux ont été adoptés à une courte majorité (47 pour sur 90 inscrits, 16 contre, 15 abstentions) le 11 octobre 2013 par l'assemblée constitutive provisoire qui réunit les CA des trois établissements fusionnés (Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV). Les grandes masses budgétaires pour 2014 ont aussi été approuvées, avec un objectif de 4 millions d'euros de dépenses en moins. Ce qui se traduirait par une trentaine de postes gelés et une baisse de 10 % des crédits de fonctionnement selon les informations d'AEF. « L'Université de Bordeaux démarre dans un contexte financier qui peut mettre en péril le projet », s'inquiète une motion du Snesup-FSU, votée à l'unanimité par les administrateurs et demandant à l'État « d'assumer ses responsabilités » vis-à-vis du nouvel établissement.
Les universités Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV ne feront qu'une au 1er janvier 2014. Réunis devant la presse mercredi 11 septembre 2013, les présidents des trois établissements (Dean Lewis, Manuel Tunon de Lara et Yannick Lung) et le président du PRES bordelais, Alain Boudou, présentent les spécificités et les ambitions de ce nouvel ensemble, qui revendique son modèle d'organisation déconcentré. Le contexte financier dans lequel s'opère aujourd'hui cette fusion s'avère toutefois beaucoup plus tendu qu'au lancement de ce chantier en 2010 et les promoteurs de la nouvelle université bordelaise anticipent déjà pour l'an prochain des gels de postes et des comptes en déséquilibre. Les prévisions font état d'un déficit cumulé de 4 millions d'euros en fonctionnement, pour moitié imputable au GVT.
Le décret du 3 septembre 2013 créant, au 1er janvier 2014, l'Université de Bordeaux, par fusion de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV, est conforme au projet de décret examiné et rejeté par le Cneser le 15 juillet dernier (AEF n°185445). Publié au Journal officiel le 5 septembre, ce texte entérine deux autres changements : le nouveau nom du PRES bordelais, rebaptisé communauté d'universités et d'établissements d'Aquitaine ; et le transfert, du PRES vers cette nouvelle université de Bordeaux de la gestion de « l'opération campus, du portage des programmes d'investissement d'avenir, et de la coordination des services offerts aux étudiants et de la politique documentaire ». Avec 45 000 étudiants et 5 600 personnels, ce nouvel établissement devient ainsi « la troisième université française (en nombre d'étudiants), hors région parisienne », soulignent ses promoteurs ce 6 septembre.
Le projet de décret créant la NUB (nouvelle université de Bordeaux), issue de la fusion de trois des quatre universités du site bordelais (Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV) a été rejeté par le Cneser lundi 15 juillet 2013. L'EPCSCP se substituera à ces trois établissements à compter du 1er janvier 2014. En attendant, sa gouvernance sera assurée par un administrateur provisoire, nommé par le recteur, et une assemblée constitutive provisoire, regroupant les conseils d'administration et les présidents des trois universités actuelles. Les conseils et les directeurs des composantes et des services communs de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV demeureront en fonction jusqu'à l'installation des nouvelles instances au sein de l'université fusionnée. Le texte consacre aussi le changement de nom et d'attributions du PRES bordelais.