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Les statuts de l'Université de Bordeaux ont été adoptés à une courte majorité (47 pour sur 90 inscrits, 16 contre, 15 abstentions) le 11 octobre 2013 par l'assemblée constitutive provisoire qui réunit les CA des trois établissements fusionnés (Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV). Les grandes masses budgétaires pour 2014 ont aussi été approuvées, avec un objectif de 4 millions d'euros de dépenses en moins. Ce qui se traduirait par une trentaine de postes gelés et une baisse de 10 % des crédits de fonctionnement selon les informations d'AEF. « L'Université de Bordeaux démarre dans un contexte financier qui peut mettre en péril le projet », s'inquiète une motion du Snesup-FSU, votée à l'unanimité par les administrateurs et demandant à l'État « d'assumer ses responsabilités » vis-à-vis du nouvel établissement.
Les universités Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV ne feront qu'une au 1er janvier 2014. Réunis devant la presse mercredi 11 septembre 2013, les présidents des trois établissements (Dean Lewis, Manuel Tunon de Lara et Yannick Lung) et le président du PRES bordelais, Alain Boudou, présentent les spécificités et les ambitions de ce nouvel ensemble, qui revendique son modèle d'organisation déconcentré. Le contexte financier dans lequel s'opère aujourd'hui cette fusion s'avère toutefois beaucoup plus tendu qu'au lancement de ce chantier en 2010 et les promoteurs de la nouvelle université bordelaise anticipent déjà pour l'an prochain des gels de postes et des comptes en déséquilibre. Les prévisions font état d'un déficit cumulé de 4 millions d'euros en fonctionnement, pour moitié imputable au GVT.
Le décret du 3 septembre 2013 créant, au 1er janvier 2014, l'Université de Bordeaux, par fusion de Bordeaux-I, Bordeaux-Segalen et Bordeaux-IV, est conforme au projet de décret examiné et rejeté par le Cneser le 15 juillet dernier (AEF n°185445). Publié au Journal officiel le 5 septembre, ce texte entérine deux autres changements : le nouveau nom du PRES bordelais, rebaptisé communauté d'universités et d'établissements d'Aquitaine ; et le transfert, du PRES vers cette nouvelle université de Bordeaux de la gestion de « l'opération campus, du portage des programmes d'investissement d'avenir, et de la coordination des services offerts aux étudiants et de la politique documentaire ». Avec 45 000 étudiants et 5 600 personnels, ce nouvel établissement devient ainsi « la troisième université française (en nombre d'étudiants), hors région parisienne », soulignent ses promoteurs ce 6 septembre.
Bordeaux-I (sciences et technologie) approuve en conseil d'administration, jeudi 30 mai 2013, par 20 voix pour, 4 contre et 3 abstentions, sa fusion avec Bordeaux-Segalen (santé et sciences de l'homme) et Bordeaux-IV (droit, économie, gestion) au sein d'une université unique au 1er janvier 2014. L'université bordelaise de sciences et technologie est la dernière à voter ce jeudi, après Bordeaux-Segalen le 23 mai (AEF n°189193) et Bordeaux-IV le 27 mai (AEF n°189033). La création de ce nouvel établissement, qui devrait prendre le nom d'université de Bordeaux, actuellement porté par le PRES, devrait être effective à la rentrée 2013. Une assemblée constitutive, réunissant les trois CA des universités fusionnées, doit se tenir en septembre prochain, après passage du décret de création devant le Cneser cet été.
85,8 % des votants de Bordeaux-III Michel de Montaigne se prononcent contre la fusion de leur établissement avec les trois autres universités bordelaises au sein de la NUB (nouvelle université de Bordeaux). « Par ce vote, la communauté de Bordeaux-III a clairement exprimé son refus d'intégrer le processus de fusion », indique l'université vendredi 26 avril 2013, après le dépouillement du référendum organisé les 25 et 26 avril. Ouvert à « tous les personnels ainsi qu'aux étudiants élus » (1), ce référendum a connu un taux de participation de 54,34 %, avec 607 votant sur 1 117 électeurs inscrits. 479 personnes ont voté contre la fusion (85,8 %), 79 pour (14,2 %) et on compte 49 bulletins blancs ou nuls.