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L'IGAENR est chargée d'une mission d'évaluation des Instituts Carnot dont les conclusions devront être remises au ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche « avant la fin du mois de juin 2009 ». C'est ce qu'indique la lettre de mission adressée à l'IGAENR par Philippe Gillet, directeur de cabinet de Valérie Pécresse, que l'AEF s'est procurée. « Dans la perspective du renouvellement du dispositif et de son financement en 2010, il apparaît utile de mieux cerner les résultats produits par les instituts Carnot », explique-t-il dans son courrier.
Il est difficile de "formuler des stratégies territoriales d'innovation et de recherche, qui fassent consensus entre les acteurs". C'est l'un des constats d'une étude sur "l'articulation entre PRES, RTRA, et pôles de compétitivité". Philippe Lefebvre et Frédérique Pallez, enseignants-chercheurs à l'École des mines ont mené une étude pour le compte de la Diact entre l'automne 2007 et le printemps 2008 sur les nouveaux instruments du SFRI (système français de recherche et d'innovation).