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La Commission européenne procède actuellement à l'audit financier des 200 premiers bénéficiaires des fonds du 6e PCRD. Cet audit concerne des organismes de recherche partout en Europe, notamment en Allemagne, en Italie, en Espagne. En France, le CNRS vient d'être audité et a engagé des pourparlers avec la Commission européenne sur la justification de l'utilisation des fonds. L'organisme pourrait être confronté à l'exigence d'un recouvrement par la Commission. Il en serait de même pour l'Inserm et le CEA, selon plusieurs sources concordantes. L'Inra a quant à lui été audité en fin d'année 2008 sur deux projets, qui n'ont pas occasionné de retour de la part de la Commission. Bien que percevant des sommes moindres, les universités sont aussi concernées par les audits, qui n'ont pas encore débuté.
L'EUA se félicite de la décision de la Commission européenne de « maintenir le taux forfaitaire de 60 % pour le remboursement des coûts indirects (frais de fonctionnement et d'entretien du matériel) pour les universités qui participent au 7e PCRD » et ce pour toute sa durée, jusqu'en 2013, affirme-t-elle dans un communiqué, le 23 juin 2009.
"Les universités ont besoin de soutien pour mettre en place une comptabilité analytique", fait remarquer une étude de l'EUA (Association européenne des universités) de novembre 2008, intitulée "Universités financièrement durables. Vers des coûts complets dans les universités européennes [full costing]".