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« Les mouvements du printemps dernier montrent que parler de l'autonomie du système suppose de parler de deux types d'autonomie : celle des établissements et celle des universitaires », déclare Christine Musselin, directrice de recherche au CNRS et directrice du CSO (Centre de sociologie des organisations, UMR Sciences Po - CNRS). Elle s'exprimait lors d'une table ronde consacrée à l'autonomie dans l'enseignement supérieur, à l'occasion d'un colloque sur le sujet organisé par le Sgen les 13 et 14 novembre 2009 à Paris. Les différents intervenants s'accordent à dire qu'à l'heure actuelle, les effets de la loi LRU sur l'autonomie et le fonctionnement des universités est difficile à mesurer. En revanche, on observe, selon Christine Musselin, rejointe en cela par Yves Lichtenberger, président du PRES Paris-Est, une « friction » entre le mouvement d'autonomisation des universitaires et celui des établissements.