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Les réseaux d'excellence (NoE) et les projets intégrés (PI), deux instruments de financement de la recherche créés par le 6e PCRD (2002-2006), ont « permis de promouvoir un bon niveau de collaboration en matière de recherche et la mise en œuvre de projets de qualité raisonnable ». Mais ils ont « fonctionné en l'absence d'une logique d'intervention claire ainsi que d'objectifs et d'indicateurs de performance » et « leurs objectifs spécifiques n'ont été réalisés qu'en partie ». Ce sont les principales conclusions du rapport de la Cour des comptes européenne, rendu public le 14 octobre 2009, dans lequel elle évalue l'impact de ces deux instruments mis en place pour atténuer la dispersion des moyens et favoriser des coopérations scientifiques durables. Elle émet également des recommandations à la Commission européenne.
« Six milliards consacrés aux nouveaux projets de recherche (500 millions de plus qu'en 2007) », souligne la Commission européenne, qui présente son rapport financier 2008, mardi 22 septembre 2009. Ces crédits, dédiés au 7e PCRD, représentent 57,6 % du budget de 10,5 milliards d'euros alloué à la compétitivité, « objectif clé de la stratégie renouvelée de Lisbonne pour la croissance et l'emploi ». Les ressources budgétaires globales de l'UE en 2008 étaient de 116,5 milliards d'euros.
La Commission européenne organise une consultation en ligne jusqu'au 15 septembre 2009 afin de recueillir des suggestions et idées pour « simplifier la mise en oeuvre des PCRD ». Son objectif est de publier une communication pour la simplification en 2010.