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« Nous avons eu six projets audités [par la Commission européenne] sur 130 projets financés. Nous nous en sommes bien sortis. Nous n'avons pas eu de redressement majeur, seuls quelques remboursements mineurs des échanges sur la taxe sur les salaires », indique Isabelle Albouy, directrice des affaires européennes à l'Inra. Dans une interview à AEF, elle revient sur l'audit financier sur les projets européens du 6e PCRD. Isabelle Albouy décrit également le partenariat avec une université des Pays-Bas et plus généralement la politique de coopération européenne de l'Inra.
La Commission européenne procède actuellement à l'audit financier des 200 premiers bénéficiaires des fonds du 6e PCRD. Cet audit concerne des organismes de recherche partout en Europe, notamment en Allemagne, en Italie, en Espagne. En France, le CNRS vient d'être audité et a engagé des pourparlers avec la Commission européenne sur la justification de l'utilisation des fonds. L'organisme pourrait être confronté à l'exigence d'un recouvrement par la Commission. Il en serait de même pour l'Inserm et le CEA, selon plusieurs sources concordantes. L'Inra a quant à lui été audité en fin d'année 2008 sur deux projets, qui n'ont pas occasionné de retour de la part de la Commission. Bien que percevant des sommes moindres, les universités sont aussi concernées par les audits, qui n'ont pas encore débuté.