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Le Cemagref travaille à la constitution d'une « alliance en recherche environnementale », annonce à AEF son directeur général, Roger Genet (AEF n°303375). « Je plaide auprès de l'Inra, du Cirad, du BRGM, du CNRS et des universités pour que l'on coordonne nos actions dans les sciences et techniques pour l'environnement et l'alimentation », indique-t-il. Roger Genet rappelle le constat formulé par l'Aeres dans son rapport d'évaluation du Cemagref (AEF n°309866) : « L'agence soulignait que les enjeux environnementaux sont tels qu'il faudrait augmenter l'effort de recherche dans le domaine. J'estime qu'il faudrait pouvoir doubler le budget recherche du Cemagref. Dans un contexte budgétaire extrêmement contraint, je crois plutôt à une logique de coordination entre les organismes. »
Hynes : tel est le nom de l'équipe commune de recherche que créent EDF et le Cemagref sur le thème de l'approche écologique des milieux aquatiques, indique à AEF Roger Genet, directeur général du Cemagref, mercredi 21 octobre 2009. Signée le 29 septembre 2009, la convention « engage les deux organismes pour une durée longue » de dix ans. L'équipe est financée par EDF et dirigée par Didier Pont, directeur de recherche au Cemagref. Elle comprend une douzaine de scientifiques, chercheurs permanents et doctorants du Cemagref et d'EDF.
Une convention-cadre de coopération pour quatre ans a été signée, jeudi 14 mai 2009, à Montpellier (Hérault) par la secrétaire d'État à l'Écologie, Chantal Jouanno, et Roger Genet, directeur général du Cemagref. « Cet accord permettra de renforcer le volet recherche du Grenelle de l'environnement, notamment en matière de préservation de la biodiversité et des ressources, de prévention et de gestion des risques et des territoires », précise le Meeddat (ministère de l'Écologie, de l'Énergie, du Développement durable et de l'Aménagement du Territoire).
Le Cemagref doit avoir une politique "à la fois plus ambitieuse et plus volontariste", face à l'obligation qui est faite à la recherche française de "se structurer dans un dispositif qui doit permettre une meilleure mutualisation des thématiques et des moyens". C'est l'une des recommandations de l'Aeres au Cemagref, premier organisme de recherche évalué par l'agence. Né en 1981, le Cemagref a d'abord pris la forme d'un EPA, avant de devenir, en 1985, un EPST, sous la tutelle des ministères en charge de la Recherche et de l'Agriculture.