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La CPU et l'Inria ont signé un accord-cadre de coopération en marge du lancement de l'alliance Allistène dans le domaine des Stic, vendredi 18 décembre 2009 (AEF n°279345). Le but affiché est « de faciliter et de multiplier les conventions partenariales entre l'Inria et les universités sur tout le territoire dans le domaine des Stic ». Il s'agit de la troisième convention-cadre de la CPU avec un organisme de recherche, après celles signées avec l'IRD (AEF n°306078) et l'Inra (AEF n°294795).
L'Inra et la CPU signent un accord-cadre de coopération pour la recherche et l'enseignement, mercredi 24 juin 2009. Celui-ci « a pour objectif d'expliciter les éléments de politique partagée entre I'Inra et la CPU : les universités et écoles membres de la CPU pourront s'y référer dans les contrats qu'elles concluront avec I'Inra », peut-on lire en préambule. Il est précisé que les universités, comme I'Inra, « sont susceptibles d'être opérateurs de recherche, et que le principe de base de leurs relations, quelle que soit la forme des contributions respectives, sera celui d'un co-pilotage scientifique entre les directions des établissements ». Les modalités de la convention « seront mises en oeuvre vague par vague à partir des établissements de la vague D de contractualisation (2010) ».