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« Dans le cadre du nouveau décret du CNRS, je dois inventer un nouveau mode de fonctionnement », déclare Alain Fuchs, premier PDG du CNRS. « Aujourd'hui, j'ai besoin de m'entourer de collaborateurs qui m'accompagnent dans une nouvelle configuration, avec un président unique », explique-t-il dans un entretien accordé à AEF une semaine après sa nomination officielle (AEF n°277562) et son audition par les parlementaires (AEF n°277628). Il présente ses premiers chantiers - comme la construction de son équipe- et insiste sur les relations qu'il entend établir avec les directeurs d'institut. « Je m'appuierai sur eux car les niveaux hiérarchiques doivent être resserrés et il ne faut pas créer de strate supplémentaire », explique-t-il, rappelant que les directeurs actuels sont nommés par intérim et qu'il lui faudra donc rendre des arbitrages.
Alain Fuchs, professeur des universités, a été nommé président du Centre national de la recherche scientifique, en conseil des ministres, mercredi 20 janvier 2010. Il remplace l'actuelle présidente Catherine Bréchignac et le directeur général Arnold Migus (AEF n°278099), selon les termes du décret organique du CNRS qui supprime la direction bicéphale de l'organisme (AEF n°287599).
Le champ et les modalités d'intervention de l'INSHS (Institut des sciences humaines et sociales) du CNRS doivent être redéfinis, « compte tenu du nouveau contexte institutionnel ». C'est l'avis du CDHSS (Conseil pour le développement des humanités et des sciences sociales) dans le rapport d'étape qu'il a remis à Valérie Pécresse, jeudi 14 janvier 2010 (AEF n°277907). Intitulé « pour des sciences humaines et sociales au coeur des universités », ce document pointe notamment une « relation fortement asymétrique » entre le CNRS et les universités. Le CDSHS décrit : « Chaque université 'négocie' avec l'organisme et plus précisément avec la direction des partenariats (la DPA) qui joue un rôle d'intermédiaire. Le CNRS définit de manière unilatérale les critères d'association des unités afin que leurs activités s'inscrivent dans la politique scientifique de l'organisme et de ses instituts. »