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Le passage aux responsabilités et compétences élargies a « complètement modifié notre dialogue de gestion », déclare à AEF Yvon Berland, président de l'université de la Méditerranée (Aix-Marseille-II). « Aujourd'hui, notre procédure d'allocation des moyens, hors patrimoine et recherche, est basée sur l'activité et la performance », et dépend « de vrais projets bien identifiés », se réjouit-il. L'université de la Méditerranée est l'une des 18 universités passées à l'autonomie au 1er janvier 2009 (AEF n°307449). Yvon Berland dresse, dans un entretien accordé à AEF, le bilan de la première année d'exercice des RCE en revenant sur les grands thèmes liés à l'autonomie, dont la gouvernance, la gestion des ressources humaines et les relations avec les partenaires. Mais il relève un paradoxe : « Nous n'avons jamais été autant contrôlés depuis que nous sommes autonomes ».
« Selon le président de la République, il faut laisser à chaque université le choix de son fonctionnement », notamment sur la participation des personnalités extérieures à l'élection du président d'université, indique Lionel Collet, président de la CPU, suite à un entretien d'une quinzaine de présidents d'universités autonomes (1) avec Nicolas Sarkozy et la ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, vendredi 15 janvier 2010 (AEF n°277905). A l'occasion de ses voeux au monde l'éducation et de la recherche le 11 janvier dernier, Nicolas Sarkozy avait estimé anormal que « tous les membres des conseils d'administration d'universités autonomes, y compris les personnalités extérieures, ne puissent participer à cet acte décisif qu'est l'élection du président d'université » (AEF n°278233).
« Si les évolutions souhaitables ne sont pas de même nature pour les différentes universités, […] elles visent presque toujours à renforcer la cohérence des pratiques de gestion, l'éclatement des processus pouvant induire soit des risques (par exemple au niveau de la maîtrise de la masse salariale), soit une incapacité à bénéficier de marges d'autonomie consistantes. » C'est ce qu'indique l'IGAENR, dans un rapport intitulé « La modernisation de la gestion publique : un levier pour l'autonomie des universités » et dont AEF s'est procuré un copie. Daté d'avril 2009, il constitue une synthèse des 35 audits réalisés au cours de l'année 2007-2008, auprès des universités ayant souhaité bénéficier des RCE. Au cours de l'année 2008-2009, l'Inspection a mené 33 nouveaux « audits RCE ».