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« Nous insistons sur la transversalité et le fonctionnement en mode projet, notre objectif étant de décloisonner la politique de santé et mobiliser toutes les compétences », a déclaré Denis Morin, directeur de l'ARS Rhône-Alpes, jeudi 1er avril 2010 à Lyon, à l'occasion du lancement de l'agence. Une direction de la stratégie et des projets, dirigée par Patrick Vandenbergh, a été créée pour animer le réseau et la conduite des projets transversaux impliquant l'ensemble des directions opérationnelles. Cette direction aura notamment la tâche de piloter les travaux autour du PRS (projet régional de santé) et d'élaborer, en collaboration avec la direction générale (DG) et le comité national de pilotage, le CPOM (contrat annuel d'objectifs et de moyens) de l'ARS. « Nous avons tenu également à mettre en place une direction médico-sociale regroupant le grand âge et le handicap, dirigée par Muriel Le Jeune-Vidalenc, ainsi qu'un médiateur, afin de garder le lien avec les usagers et les organes de démocratie sanitaire (CRSA - conférence régionale de la santé et de l'autonomie) », ajoute Denis Morin.
« Les ARS ne sont qu'une réforme administrative. Et c'est une réforme inaboutie, car il n'existe pas d'agence nationale de santé ». C'est ce qu'affirme Pierre-Louis Bras, inspecteur général des affaires sociales et professeur associé à l'Université de Nanterre s'exprimant dans le cadre d'une table ronde sur l'organisation du système de santé organisée par la CFDT à l'occasion de la création officielle des ARS, jeudi 1er avril 2010. Pour lui, « les ARS restent en position de faiblesse par rapport à l'assurance maladie, qui garde la main sur la médecine de ville, dont la réorganisation est l'enjeu essentiel ». Pour sa part, Étienne Caniard partage lui aussi le sentiment d'un « schéma inachevé » qui comporte beaucoup de « lacunes ». Ils nuancent toutefois leurs propos: pour Pierre-Louis Bras, « les ARS sont une promesse d'union de l'ensemble des administrations qui gèrent le système de soins, à l'occasion de la prochaine réforme qui créera l'agence nationale de santé ». Étienne Caniard estime lui que certaines compétences des ARS sont prometteuses, comme la possibilité de coopérations entre professionnels de santé : « elles pourraient permettre de réorganiser complètement l'offre de soins ».
Loin d'être des « machines bureaucratiques » comme certains le redoutent en raison de leur taille - jusqu'à 1 231 emplois équivalent temps plein en Île-de-France -, les ARS auront une pratique « fondamentalement partenariale » pour la simple raison que « l'ARS peut impulser, coordonner mais en aucun cas ne peut agir seule », c'est ce qu'assure aujourd'hui, jeudi 1er avril 2010, Roselyne Bachelot alors que paraissent le même jour au Journal officiel de nombreux décrets relatifs au fonctionnement des ARS (AEF n°272230). La ministre de la Santé assure que tous les décrets seront publiés avant le 20 juillet 2010. Entourée de Nadine Morano, secrétaire d'État chargée de la Famille et de la Solidarité, de Nora Berra, secrétaire d'État aux AÎnés, et de Jean-Marie Bertrand, secrétaire général des ministères sociaux, elle dresse devant la presse la « feuille de route » des ARS pour les mois à venir en présence notamment de Frédéric Van Roekeghem, directeur général de l'Uncam.
François Dumuis, responsable préfigurateur depuis le 30 septembre 2009, nommé directeur général de l'ARS (agence régionale de santé) d'Auvergne le 31 mars 2010 en conseil des ministres, a présenté ses priorités ainsi que l'organisation et l'organigramme de l'agence qui compte 261 personnes dont 170 au siège et à la délégation du Puy-de-Dôme. Au 1er semestre 2010, l'ARS prévoit notamment l'organisation du premier séminaire de la communauté des MSP (Maisons de santé pluridisciplinaires) d'Auvergne, en vue de labelliser les projets de MSP. La Commission sur le droit des usagers sera mise en place, ainsi qu'ultérieurement l'URPS (Union régionale des professionnels de santé). L'ARS prévoit également des mesures de lutte contre la maltraitance au sein des établissements médico-sociaux, et la mise en place de la nouvelle politique d'accès aux soins : « organisation d'une garde libérale » le week-end, « régulation libérale » du « 15 » pour « désengorger les urgences », création des MMG (Maisons médicales de garde), mise en place du dossier médical partagé (numérisé), etc.