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Les députés adoptent le projet de loi de finances pour 2011 en séance publique, mercredi 17 novembre 2010 dans la nuit, qui doit maintenant être examiné par le Sénat. Un amendement du gouvernement est adopté le 17 novembre, qui modifie les autorisations d'engagement et les crédits de paiement de la Mires (mission interministérielle « recherche et enseignement supérieur »). Cet amendement prévoit d'une part « une majoration de crédits destinée à abonder, à titre non reconductible (…), de 306 000 euros (en autorisations d'engagement et crédits de paiement) le plafond de la mission ». Il prévoit d'autre part « une minoritation des crédits » de la Mires à hauteur de dix millions d'euros en autorisation d'engagement et de onze millions d'euros en crédits de paiement. Cette minoration est « destinée à gager les ouvertures de crédits opérées lors de la discussion de la seconde partie du projet de loi de finances », explique le gouvernement.
« Supprimer l'article 78 du projet de loi sur la réforme du dispositif d'exonération de cotisations sociales accordée aux JEI (jeunes entreprises innovantes) ; repousser à la cinquième année le principe de dégressivité initialement fixé par l'article à partir de la quatrième année ; maintenir le dispositif existant pour les jeunes entreprises innovantes déjà entrée dans le dispositif [lancé en 2004] ». Tels sont les principaux amendements rejetés par les députés, dans la nuit de mardi à mercredi 10 novembre 2010, lors de l'examen de l'article 78 du projet de loi de finances 2011. Cet article prévoit la modification du statut de JEI, et notamment « une diminution progressive des exonérations au cours de la vie de l'entreprise en instaurant une dégressivité entre la quatrième et la septième année suivant la création de l'établissement » (AEF n°258416).
La commission des finances de l'Assemblée nationale a adopté, mardi 26 octobre 2010, un amendement du député UMP (Aveyron), Yves Censi, transférant, dans le cadre du PLF 2011, 3,7 M€ (millions d'euros) en AE et en CP du programme 187 « recherche dans le domaine de la gestion des milieux et des ressources » (action « recherches scientifiques et technologiques sur les systèmes de production et de transformation associés ») vers le programme 142 « enseignement supérieur et recherche agricoles » (action « recherche, développement et transfert de technologie »). C'est le seul amendement adopté par les députés sur le volet « recherche » du PLF 2011 pour la Mires qui a été examiné par la commission élargie - autrement dit ouverte à tous les députés (AEF n°259235) - toute la matinée du 26 octobre. Dans la foulée, les commissions (finances, affaires économiques, affaires culturelles et éducation, développement durable et aménagement du territoire) se sont réunies pour adopter les crédits 2011 de la Mires et les éventuels amendements.
« La réduction à 50 % [au lieu de 75 %] du montant des dépenses de fonctionnement retenues dans l'assiette des dépenses éligibles au crédit impôt recherche » et la mise en place de mesures anti-abus pour empêcher tout effet d'aubaine qui « consisterait à détourner l'esprit de la loi par un jeu d'ouvertures et fermetures d'entreprises à la seule fin de récupérer un taux majoré de CIR ». Tels sont les principaux amendements adoptés par les députés, dans la nuit de mardi à mercredi 21 octobre 2011 dans le cadre de l'examen du projet de budget pour 2011. L'UMP et le Parti socialiste ont décidé de retirer leur amendement consistant à vouloir « consolider le montant total des dépenses de recherche au niveau de l'entreprise et non plus des filiales pour éviter les risques d'optimisation fiscale ». Au total, neuf amendements [dont deux rédactionnels et quatre sous-amendements] sur dix-neuf proposés ont été adoptés.
Le Club des pôles mondiaux (1) s'inquiète de l' « impact de la loi de finances 2011 sur la capacité de développement des milliers de PME des pôles de compétitivité » alors même qu' « elles constituent l'avant-garde de l'innovation industrielle française », annonce le club qui regroupe les 17 pôles de compétitivité mondiaux, mardi 19 octobre 2010. Le Club des pôles mondiaux indique que « les aménagements du crédit impôt recherche vont quant à eux mettre à mal la politique d'innovation lancée par la France il y a cinq ans. Les entreprises innovantes, doivent, pour maintenir leur avantage compétitif, investir chaque année au moins le quart de leur chiffre d'affaires en R&D et n'escomptent un retour sur investissement souvent qu'à moyen terme. » Et de rappeler qu'entre 2007 et 2008, le CIR a « généré une hausse de 152 % des embauches de jeunes docteurs et de 142 % de créations d'emplois en R&D dans les entreprises internationales en France.