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« J'ai du me résoudre à quitter les négociations sur le projet d'initiative d'excellence », déclare Anne Fraïsse, présidente de l'université Montpellier-III Paul-Valéry, dans un communiqué interne adressé à l'ensemble du personnel mercredi 17 novembre 2010. Un courrier du 5 novembre 2010 de Valérie Pécresse, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, adressé à Dominique Deville de Périère, présidente du PRES Université Montpellier Sud de France, « fait de la fusion une condition de réussite de l'idex », indique Anne Fraïsse. Elle relève que « dans le même temps, les humanités sont tenues à l'écart de cette idex ». « On nous demande ainsi tout à la fois de renoncer à faire valoir la qualité de notre recherche et de nos formations et de disparaître dans une nouvelle université entièrement dédiée à d'autres disciplines que les nôtres. Autant nous demander de nous saborder. » Anne Fraïsse conclut en indiquant que, pour la même raison, Montpellier-III pourrait « être appelée à renoncer au plan campus ».
« C'est ici que j'ai vu le projet le moins structuré », aurait déclaré, vendredi 23 octobre 2010, René Ricol, commissaire général à l'investissement, lors d'une visite à Montpellier, rapportent à AEF plusieurs sources concordantes et présentes lors de cette réunion. Selon elles, René Ricol aurait été « choqué » par l'existence de deux projets concurrents de gouvernance de l'initiative d'excellence par les acteurs du site montpelliérain. D'un coté, l'université Montpellier-II souhaiterait se transformer en grand établissement avec des membres associés, comme l'université Montpellier-III Paul-Valéry. De l'autre, Montpellier-I voudrait s'appuyer sur le PRES UMSF (Université Montpellier Sud de France) et créer une fondation de coopération scientifique pour gérer les fonds du grand emprunt (AEF n°259161). Cette hypothèse est également soutenue par Étienne Landais, directeur de Montpellier SupAgro (AEF n°258623). Le commissaire général à l'investissement aurait ainsi conseillé aux universités de Montpellier de se concentrer sur la définition et la valorisation du « périmètre scientifique » du projet. Par ailleurs, les deux universités s'opposent également sur leur vision de la future université unique de Montpellier (AEF n°258782 et n°259161).
« La réflexion sur l'organisation et la gouvernance pour conduire l'initiative d'excellence doit être clairement dégagée de tout autre enjeu », constatent Étienne Landais, directeur de Montpellier SupAgro, et Philippe Puech, directeur administratif et financier d'Agropolis Fondation. Dans un texte commun transmis le 6 octobre 2010 aux membres du comité de pilotage « grand emprunt », et dont AEF a eu une copie, les deux auteurs élaborent une « proposition pour une structuration et une gouvernance possibles » pour l'initiative d'excellence et le PRES montpelliérain. Selon eux, la solution réside dans la combinaison de deux personnes morales : un PRES EPCS et une FCS associée. « Cette solution rend crédible la volonté d'associer au PRES nouvelle formule les organismes de recherche qui n'avaient pas souhaité s'associer aux PRES actuels. » Le comité de pilotage « grand emprunt » se réunira lundi 11 octobre 2010 et sera consacré à la gouvernance de l'initiative d'excellence.
« Je ne peux laisser sans réponse les propos tenus [par Christian Philip, recteur] qui dressent un tableau particulièrement négatif de la situation du site universitaire de Montpellier », déclare Philippe Augé, président de l'université Montpellier-I, dans une lettre adressée à la presse, samedi 25 septembre 2010 (AEF n°259673). « S'il y a blocage sur le site de Montpellier concernant la fusion, j'en décline toute responsabilité », explique-t-il. « Mon établissement veut respecter ses engagements pris en faveur d'une réelle université unique en 2012. » « Évoquer l'hypothèse d'une fusion repoussée à 2013, 2014 ou plus tard, ne serait qu'enterrer même l'idée de fusion. » Philippe Augé « regrette que le recteur n'ait pas évoqué le travail accompli depuis plusieurs mois par la communauté scientifique et universitaire pour déposer, dans les temps, des projets cohérents aux différents appels d'offre en cours. » Philippe Augé indique que le site montpelliérain a déposé des dossiers d' « équipements d'excellence » et qu'il travaille sur les autres appels à candidatures (laboratoires d'excellence, IRT, Satt, IHU).
« Aujourd'hui, il devient urgent pour les présidents des trois universités de Montpellier de s'engager réellement dans le processus de fusion », déclare Christian Philip, recteur de l'académie de Montpellier, lors d'une conférence de presse vendredi 24 septembre 2010. « Force est de constater qu'on avance doucement sur la fusion des trois universités montpelliéraines », regrette-t-il. « S'ils ne sont pas capables de tenir la date du 1er janvier 2012, voire du 1er janvier 2013, et qu'ils estiment que la fusion doit prendre plus de temps, il faut un PRES fort et certainement régional. Aujourd'hui, le PRES Université Montpellier Sud de France (UMSF) est une coquille vide », poursuit-il. Les deux missions du PRES UMSF sont de réaliser la fusion des trois universités montpelliéraines et de mettre en oeuvre le dossier de l'Opération campus (AEF n°320572). Christian Philip estime que « d'ici décembre 2010, il faut monter un projet qui tienne la route et que les établissements prennent des engagements démontrant de leur volonté sur la fusion, au travers de l'initiative d'excellence ». « Les présidents disent qu'ils souhaitent la fusion, je souhaite qu'ils tiennent leur engagement. »