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« Le véritable défi que posent les alliances à la CPU est qu'elle puisse avoir désormais un rôle stratégique, et non plus seulement institutionnel », déclare Jacques Fontanille, vice-président de la Conférence des présidents d'université. Dans une interview accordée à AEF, il explique que la CPU doit en effet « doper une pensée stratégique dans les établissements universitaires » et « faire des choix pour assurer au mieux la participation de la communauté universitaire au sein des alliances ». Explicitant ces choix, il revient aussi sur l'implication de la CPU et des universités dans les alliances thématiques de recherche. Il annonce notamment que la CPU va devenir membre fondatrice de l'alliance Ancre, qui était la seule où elle ne bénéficiait pas de ce statut.
« Les alliances de recherche ne sont pas de nouveaux organismes ou des GIP : il s'agit d'instituts travaillant sur la même thématique, qui se réunissent afin de mieux se coordonner et simplifier le paysage de la recherche, qui peut sembler illisible aussi bien au niveau national qu'à l'extérieur », affirme André Syrota, président d'Aviesan et PDG de l'Inserm. Il intervient à la table ronde « Alliances pour la recherche – quels enjeux pour demain ? » dans le cadre des RUE (rencontres universités entreprises) 2010, jeudi 27 mai 2010, au Cnit-Paris La Défense.
« Il y a un incontestable besoin de coordination dans le domaine de la recherche en énergie. Le CEA est très présent, évidemment dans le nucléaire, mais aussi avec une volonté de se diversifier, l'IFP est clairement identifié, le CNRS est assez généraliste et les universités présentent un spectre large de recherches (participation à Iter, gestion des déchets nucléaires, éolien, photovoltaïque, hydrogène et piles à combustible…) », déclare à AEF Jean-Pierre Finance, président de l'université Henri-Poincaré (Nancy-I) et représentant de la CPU au sein d'Ancre (Alliance nationale de coordination de la recherche pour l'énergie), avec Vincent Courtillot, directeur de l'IPGP.